Dentro da temática das relações entre educação, desigualdades sociais e pobreza, a finalidade do artigo é apresentar o desenho e os desafios metodológicos de uma pesquisa em desenvolvimento sobre os percursos escolares de estudantes vinculados ao Programa Bolsa Família (PBF), nos estados do Ceará e do Paraná. A pesquisa centra-se em uma coorte de estudantes que nasceram em 2002 e que são acompanhados por um período de 3 anos (2015 a 2017). Trata-se de uma pesquisa de caráter quantitativo, com análise transversal e longitudinal, realizada de modo interinstitucional e interdisciplinar. Nesta etapa, ela se vale de um banco de dados criado a partir do Sistema de Acompanhamento da Frequência Escolar do Programa Bolsa Família (Sistema Presença). Ao cotejar elementos teóricos e metodológicos, introduz problemas e mobiliza estratégias possíveis para o tratamento das informações, que possuem potencial de explicação da realidade analisada.