El aguacate pertenece al genero Persea, el cual es uno de los mas controversiales de la familia Lauraceae debido a que las relaciones entre el subgenero Persea no estan claras, y solo se reconocen dos especies, Persea americana y Persea schiedeana. Su relacion con el subgenero Eriodaphne tambien es compleja, y existe un debate sobre si este es un genero independiente. Por ello, el objetivo de esta investigacion fue analizar las relaciones filogeneticas dentro del genero Persea, con enfasis en el subgenero Persea, utilizando la maxima parsimonia e inferencia bayesiana con la secuencia de ocho fragmentos diferentes de ADN nuclear, cloroplastico y mitocondrial. Se emplearon secuencias del cloroplasto ndhF, rbcL, matK, rpoC, trnH-psbA, mitocondrias atp4 y cox3, y 18S rARN nuclear. Se encontraron 14 mutaciones fijas en especies del subgenero Eriodaphne. La maxima parsimonia, los analisis filogeneticos bayesianos de las supermatrices de las cinco secuencias de cloroplastos y las ocho concatenadas separaron a los miembros de ambos subgeneros en dos clados diferentes con un alto bootstrap y soporte de probabilidad posterior. Lo anterior sugiere que el origen de Persea no es monofiletico y, por lo tanto, ambos subgeneros, Persea y Eriodaphne, podrian ser reconocidos como generos filogeneticamente independientes