مطالعه در سطح ترانسکریپتوم میتواند فاصله بین ژنوتیپ و فنوتیپ را پر نموده و به درک ساز وکارهای تبدیل توالی به عملکرد کمک نمایند. در این مطالعه به منظور کشف چند شکلیهای تکنوکلئوتیدی (SNP) از دادههای RNA-Seq دو جمعیت گاوهای هلشتاین آمریکا (Bos taurus) و کلیستانی پاکستان (Bos indicus) استفاده شد. کنترل کیفیت و ویرایش دادهها توسط نرم افزارهای FASTQC و Trimmomatic انجام شد. با همردیفی و مکانیابی خوانشهای RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع گاو با استفاده از نرم افزار TopHat2، ترانسکریپتوم تشکیل شد، سپس با استفاده از بسته نرمافزاری Samtools، آنالیز کشف SNP بر روی ترانسکریپتوم صورت گرفت که منجر به شناسایی 50183 و 137954 جایگاه SNP به ترتیب در گاوهای هلشتاین و کلیستانی شد، که 15308 جایگاه مشترک بود. ارتباط مستقیمی بین تعداد SNPهای یافت شده و طول کروموزومها مشاهده نشد. همچنین 12 نوع SNP شناسایی شد که چهار نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل و هشت نوع جایگزینی نوکلئوتیدی غیر عامل بودند. شایعترین SNPهای شناخته شده، از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل بودند، که 6/70% در نژاد کلیستانی و 6/69% در نژاد هلشتاین وجود داشت. درمطالعه حاضر 12 نوع SNP شناسایی شد. چهار نوع از SNPها، از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل وهشت نوع جایگزینی نوکلئوتیدی غیر عامل بودند. شایعترین SNPهای شناخته شده، SNPهای از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل بودند، که به ترتیب 6/70% SNPها در نژاد کلیستانی و 6/69% SNPها در نژاد هلشتاین را شامل شد. نسبت جایگزینی نوکلئوتیدی عامل به غیر عامل (Ts/Tv) SNPها در نژاد کلیستانی برابر با 4/2 و در نژاد هلشتاین برابر با 3/2 بود.