OBJETIVO: Analisar, segundo os domínios do Interprofessional Education Collaborative Expert Panel, as competências colaborativas desenvolvidas pelo programa PermanecerSUS à formação dos estudantes de saúde. MÉTODO: Estudo qualitativo, sob a perspectiva da etnografia institucional, realizado em instituições de saúde públicas com estudantes, trabalhadores e usuários do sistema público de saúde. Os dados foram coletados por meio da observação participante e entrevista semiestruturada, e analisados com a análise de conteúdo temática, em consonância aos domínios do Interprofessional Education Collaborative Expert Panel. RESULTADOS: Participaram do estudo 60 pessoas, predominantemente do sexo feminino, divididas igualmente entre as unidades. Constatou-se que os indivíduos com menor idade e inseridos o mais precocemente em projetos interprofissionais, desenvolvem competências colaborativas com mais facilidade do que os trabalhadores dos serviços de saúde já atuantes dos serviços. CONCLUSÃO: O PermanecerSUS favorece aos estudantes ética/valores para a prática profissional, trabalho em equipe e corresponsabilidade. Entretanto, é preciso desenvolver entre os trabalhadores dos serviços de saúde a competência da comunicação interprofissional.