Investigation of genetic diversity of different accessions of resistance against Phytophthora capsici L. using SRAP and SSR markers

Abstract

Dünyada biber yetiştiriciliğini sınırlayan en önemli hastalıklardan birisi, kök boğazı yanıklığıdır. Bazı başka türlerde olduğu gibi Capsicum annuum L. türüne ait farklı genotiplerde de etmene karşı dayanıklılık kaynakları mevcuttur. Dayanıklılık düzeyi farklı biber genotiplerinin genetik ilişkilerinin belirlenmesi, dayanıklılık ile ilgili gen/genlerin kültür çeşitlerine aktarılması açısından önemlidir. Bu çalışmada, P. capsici’ye karşı dayanıklılık düzeyi ve orijini farklı 12 dayanıklı ve 4 duyarlı biber genotipin filogenetik ilişkileri SRAP (Sequence Related Amplified Polymorphism) ve SSR (Simple SequenceRepeat) moleküler belirteçleriyle belirlenmiştir. Bunun için, 144 SRAP primer kombinasyonu ve 27 SSR primer çifti kullanılmıştır. Otuz iki SRAP primeri herhangi bir PCR ürünü vermemiştir. Elli primer kombinasyonunda yalnızca monomorfik DNA bantı oluşurken 31 primer kombinasyonu polimorfizm sağlamış toplam 254 DNA fragmenti elde edilmiş, bunların, 99’u (%39) monomorfik, 155’i (%61) polimorfik DNAbandı olarak değerlendirilmiştir. SRAP belirteçleri ile 16 biber genotipi birbirinden genetik olarak ayrılmıştır. SSR primerinin 15’i monomorfik bant oluşturmasına karşın 12 SSR primeri ile toplam 36 DNA bandı elde edilmiş bunların 33'ü (%93) polimorfik olmuştur. SSR belirteç sistemi ile 16 biber genotipinin bazıları (PM-217 KM2-11, Perennial LS-279, PBC-178, Sera Demre, PBC 179 KMAE-12) birbirinden ayrılamamıştır. SRAP ve SSR belirteç verileri birlikte değerlendirildiğinde, genotiplerin genetik ilişkisi, orijine göre kümelemesi daha bilgi verici olmuştur. P. capsici’ye karşı dayanıklılık genitörü olarak kullanılan CM 334'den, PM 702, Perennial, PM-217, Tayvan'da temin edilen PBC grubu (1364, 1365, 178, 179 ve 413) ile Kahramanmaraş biber populasyonundan selekte edilen KM211genotipleri genetik olarak farklı gruplarda yer aldığı belirlenmiştir.