Desain primer dan analisis in silico gen glutathione peroxidase-1 pada Rattus norvegicus

Abstract

ABSTRAK Hipoksia merupakan keadaan patologis di dalam tubuh yang disebabkan oleh kurangnya asupan oksigen di dalam sel atau jaringan yang dapat mengancam kelangsungan hidup sel. Hipoksia mengkode protein faktor transkripsi yang disebut dengan hypoxia inducible factor-1 (HIF-1α) yang dapat meningkatkan pembentukan dan pelepasan reactive oxygen species (ROS) dari dalam mitokondria. Pengembangan metode uji deteksi gen yang dapat menurunkan kadar HIF-1α sangat diperlukan. Salah satu metode yang mudah dan cepat dalam mengidentifikasi gen menggunakan Rattus norvegicus ialah metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Desain primer dan analisis in silico merupakan langkah awal dalam pengembangan metode deteksi gen. Studi ini bertujuan mendesain primer untuk deteksi gen glutathione peroxidase-1 (Gpx1) pada Rattus norvegicus lalu dianalisis in silico. Sekuens gen Gpx1 Rattus norvegicus (NC_030826) diperoleh dari pangkalan data National Center of Biotechnology Information (NCBI). Primer didesain menggunakan perangkat lunak Geneious Prime. Selanjutnya, beberapa kandidat primer dianalisis spesifisitasnya terhadap gen Gpx1 secara in silico menggunakan perangkat lunak, yaitu Primer‐BLAST. Primer yang spesifik terhadap gen Gpx1 pada Rattus norvegicus berhasil didesain dengan sekuens primer forward 5’‐AAGGCTCACCCGCTCTTTAC‐ 3’; sekuen primer reverse 5’‐TGGAACACCGTCTGGACCTA‐3’.