در این پژوهش، برای استخراج پروتئین از عضله ی تیره ی ماهی تون زرد باله (Thunnusalbacares) به روش تغییر pH، از سه تیمار اسیدی با pH 5/3، 3، 5/2 و سه تیمار بازی با pH 5/11، 11، 5/10 استفاده شد. سپس اثر این تیمارها بر میزان بازدهی پروتئین، اکسایش و ویژگی های کاربردی پروتئین ها بررسی گردید. برطبق نتایج بدست آمده بیش از 80% پروتئین ها بازیافت شدند. در بین دو گروه تیمار مورد بررسی بیش ترین بازیافت پروتئینها مربوط به تیمارهای قلیایی بود. در این فرآیندها چربی بیش از 70% کاهش یافت که این میزان در تیمارهای قلیایی بالاتر بود. بنابراین میزان اکسایش در نمونه ها نیز پایین بوده است. در بین تیمارها، تیمار اسیدی با pH 5/3 بیشترین ظرفیت نگهداری آب و تیمار قلیایی با pH 11 بیشترین ویسکوزیته را دارا بودند. با توجه به نتایج قدرت ژلی و شاخص های بافتی، پروتئین های بدستآمده از عضله ی تیره، احتمالا به دلیل تغییر ماهیت پروتئینها هنگام جابهجایی، نگهداری و فرآوری ماهی تون، ژل مطلوبی تولید نکردند. بر اساس تشکیل باندهای پروتئینی در الکتروفورز شاید بتوان نتیجه گرفت که پایداری پروتئین ها هنگام بالا رفتن pH مناسب بوده است. این پژوهش امکان استفاده از ایزوله ی پروتئین تون در فرمولاسیون مواد خوراکی مختلف، جایی که نیاز به قدرت ژلی بالا نیست، را مورد تاکید قرار داد و این مهم می تواند ضمن افزایش بهره وری موجب ایجاد ارزش افزوده در صنعت فرآوری آبزیان شود.