고추에 있어서 Tobamovirus 저항성은 고추 염색체 11번 긴 팔 끝부분에 위치한 L 유전자좌의 다섯 개 대립유전자(<TEX>$L^0$</TEX>, <TEX>$L^1$</TEX>, <TEX>$L^2$</TEX>, <TEX>$L^3$</TEX>, and <TEX>$L^4$</TEX>)에 의해 조절된다고 알려져 있다. 표현형 분석 없이 L 대립유전자를 구분할 수 있는 분자표지를 개발하기 위해서 다섯 개의 고추 판별 계통{Capsicum annuum Early California Wonder(ECW, <TEX>$L^0L^0$</TEX>), C. annuum Tisana(<TEX>$L^1L^1$</TEX>), C. annuum Criollo de Morelos 334(CM334,<TEX>$L^2L^2$</TEX>), Capsicum chinense PI 159236(<TEX>$L^3L^3$</TEX>), and Capsicum chacoense PI 260429(<TEX>$L^4L^4$</TEX>)}을 식물재료로 사용하였다. 대립유전자 특이적 분자표지는 고추 판별 계통에 대해 <TEX>$L^3$</TEX> 연관 분자표지(189D23M, A339, and 253A1R)와 BAC 염기서열(FJ597539 and FJ597541)의 PCR 증폭산물 염기서열을 비교 분석하여 개발되었다. 총 53개의 상용 고추 품종 중 48개에서 분자표지에 의한 추정 유전자형과 Tobamovirus{Tobacco mosaic virus(pathotype 0, <TEX>$P_0$</TEX>), Tomato mosaicvirus(<TEX>$P_1$</TEX>), and Pepper mild mottle virus(<TEX>$P_{1,2}$</TEX>)} 접종 표현형과 일치했다. 결과적으로 본 연구에서 개발된 분자표지는 고추 육종에 있어서 TMV 저항성 도입에 필요한 선발마커로 충분히 활용될 수 있을 것이다. The resistance to Tobamovirus in Capsicum spp. has been known to be controlled by five different alleles (<TEX>$L^0$</TEX>, <TEX>$L^1$</TEX>, <TEX>$L^2$</TEX>, <TEX>$L^3$</TEX>, and <TEX>$L^4$</TEX>) of L locus on the telomere of long arm of pepper chromosome 11. To develop a set of molecular markers differentiating all the alleles of L locus, we used five pepper differential hosts including Capsicum annuum Early California Wonder (ECW, <TEX>$L^0L^0$</TEX>), C. annuum Tisana (<TEX>$L^1L^1$</TEX>), C. annuum Criollo de Morelos 334 (CM334, <TEX>$L^2L^2$</TEX>), Capsicum chinense PI 159236 (<TEX>$L^3L^3$</TEX>), and Capsicum chacoense PI 260429 (<TEX>$L^4L^4$</TEX>). Developing a series of CAPS or SCAR markers specifically linked to the alleles was allowed by the sequence comparison of PCR amplicons of the <TEX>$L^3$</TEX>-linked markers (189D23M, A339, and 253A1R) and BAC sequences (FJ597539 and FJ597541) in the pepper differentials. Genotypes deduced by these markers in 48 out of 53 <TEX>$F_1$</TEX> hybrids of commercial pepper varieties were consistent with their phenotypes by bioassay using Tobamovirus pathotypes (<TEX>$P_0$</TEX>, <TEX>$P_1$</TEX>, and <TEX>$P_{1,2$</TEX>). Consequently, these markers can be useful to differentiate L alleles and for breeding Tobamovirus resistance in pepper with marker-assisted selection.