전통 재래식 메주 3종을 수집하여 호기성 생균수, 유산균 수, 효모 및 곰팡이의 수를 측정한 결과 각각 10?~10? CFU/g, 106~108 CFU/g, 107~108 CFU/g의 분포를 나타내었고, 일반적으로 메주의 발효에 가장 크게 관여하고 있는 효모 및 곰팡이이 외에도 유산균 역시 메주의 발효에 깊이 관여하고 있는 주요 균주인 것으로 나타났다. 재래식 메주로부터 몇 종의 유산균을 분리한 후, 3종의 우수균주를 선별하여 동정을 실시한 결과, Leuconostoc mesenteroides, Lactobacillus plantarum, Lactococcus lactis로 밝혀졌으며, 이들을 각각 Lm-SMm, Lp-SMm, Ll-GAm로 명명하였다. 3종 유산균의 효소 활성을 측정한 결과, 모두 protease, lipase, α-amylase 활성을 나타내었고 특히 Ll-GAm이 상대적으로 높은 효소 활성을 나타내었다. DPPH를 이용하여 항산화 효과를 측정한 결과, Lm-SMm, Lp-SMm, Ll-GAm은 각각 45%, 48%, 60%의 free radical 소거 효과를 나타내었고, MTT assay를 이용하여 HT-29 인체 결장암 세포 성장억제 효과를 측정한 결과 각각 45%, 67%, 70%의 성장억제 효과를 나타내었다. 따라서 전통메주로부터 분리한 우수한 유산균은 장류제조 산업에 있어서 적용성이 있을 것으로 생각되어지며, 메주 제조에 있어서 스타터로 사용되었을 때 장류제품의 품질을 향상시킬 수 있을 것으로 기대된다.