ABSTRACTAnimals, especially insects, are principal pollen vectors of tropical trees and have behavior patterns that affect gene dispersal. Here, we explore complex pollination systems using a new simulation model Eco‐Gene and considering, among other factors, flowering synchrony, spatial distribution of trees, degree of selfing, population densities, pollinator flight distances, pollen deposition, and pollinator response to floral display size. Sensitivity analyses using two contrasting tree data sets (Jacaranda copaia and Dipteryx odorata) determined the importance of each parameter on three response variables: the proportion of seeds from self‐pollination, effective population size, and pollen dispersal. Spatial considerations and attractiveness of floral displays were prominent features determining the population genetic result of pollinators, and some biological implications of the results are discussed.RESUMENAnimales, insectos en particular, son los vectores principals del polen de los arboles tropicales y como consecuencia su comportamiento afecta dispersión genética. Aquí se examina sistemas de la polinización en su totalidad, aplicando un nuevo programa de simulacro Eco‐Gene, que se toma en cuenta, entre otros factores, sincronicidad de floración, distribución de arboles, grado de auto‐fecundación, densidad poblacional, distancia de vuelo, polen deposición, respuesta comportamiental de polenizadores al tamaño del anuncio floral. Sensitivity análisis con datos contrastantes de dos arboles (Jacaranda copaia y Dipteryx odorata) evaluó la importancia de cada parametro y su resultado respeto a: la proporcion de semillas producidas por autofecundación, tamano poblacional efectivo, y distancia de dispersión del polen. Las cualidades espaciales de poblaciones, y la atractividad del anuncio floral determinaban fuertemente las consecuencias de polinizacion, y se considera implicaciones biológicas y genéticas de los resultados.