Three mainland and two island roe deer (Capreolus capreolus) populations with a total sample size of 105 individuals from Schleswig–Holstein, northern Germany, were analysed with regard to genetic variability within and differentiation among populations as revealed by eight allozyme loci known to be polymorphic in roe deer, eight microsatellite loci and 404 bp of the mitochondrial control region. Surprisingly, the allozymes were completely monomorphic, but microsatellite and control region variability were high. Hypotheses as to demographic reasons for the variability patterns found, including bottlenecks, founder effects and translocations, are put forward. There were no statistically significant differences between the island and the mainland populations in terms of genetic variability as measured by expected heterozygosity, inbreeding coefficient and allelic richness. The correlations of the various variability indices were not statistically significant after Bonferroni correction. Nevertheless, there was a clear tendency for differentiation indices to yield concordant results for microsatellite and mitochondrial markers. Insgesamt 105 Rehe (Capreolus capreolus) aus drei Festland- und zwei Inselpopulationen in Schleswig–Holstein, Norddeutschland, wurden im Hinblick auf genetische Variabilität innerhalb und Differenzierung zwischen den Populationen untersucht. Die verwendeten molekularen Marker waren acht Alloenzymloci, acht Mikrosatelliten sowie 404 bp der mitochondrialen Kontrollregion. Die Mikrosatelliten und die Kontrollregion zeigten hohe Variabilitätswerte, aber die Alloenzyme waren überraschenderweise vollkommen monomorph. Mögliche demographische Ursachen für die gefundenen Variabilitätsmuster, darunter Bottlenecks, Gründereffekte und Translokationen, werden diskutiert. Es gab keine statistisch signifikanten Unterschiede in der erwarteten Heterozygotie, dem Inzuchtkoeffizienten oder der Allelic Richness zwischen den Inselpopulationen einerseits und den Festlandbeständen andererseits. Die Korrelationen zwischen den verschiedenen Variabilitätsindizes waren niedrig; dennoch bestand eine deutliche Tendenz zu übereinstimmenden Befunden zur Differenzierung zwischen den Populationen auf der Basis nukleärer und mitochondrialer Marker.