L’émergence de souches de cytomégalovirus (CMV) résistantes aux antiviraux et conduisant à l’échec thérapeutique, constitue un problème majeur survenant au cours de traitements prolongés chez les patients immunodéprimés. Trois inhibiteurs de l’ADN polymérase virale sont actuellement utilisés pour traiter les infections à CMV, le ganciclovir (Cymevan®), le cidofovir (®), et le foscarnet (Foscavir®). Aucune de ces molécules n’est efficace sur le virus latent. Le ganciclovir (GCV) est la molécule la plus utilisée, en traitement curatif, en traitement anticipé et en prophylaxie. La résistance au ganciclovir est donc la plus fréquente et la mieux étudiée. Les mutations de la phosphotransférase virale UL97, sont les premières à apparaître. Cette enzyme est responsable de la primophosphorylation du ganciclovir et de l’aciclovir dans les cellules infectées, indispensable à leur activation. Des mutations de l’ADN polymérase, codée par le gène UL54, surviennent plus tardivement et conduisent à une résistance croisée au cidofovir ou, plus rarement, au foscarnet. La recherche des souches résistantes par l’étude phénotypique est longue et difficile. Elle nécessite l’isolement du virus en culture. L’approche moléculaire, basée sur la détection directe des mutations à partir du prélèvement ou de l’isolat permet une mise en évidence précoce de la résistance. Des techniques rapides ont été développées. Cependant, ces techniques séduisantes sont actuellement limitées à la seule recherche des mutations les plus fréquentes de UL97. L’étude de la séquence complète des gènes UL97 et UL54, seule approche permettant de détecter toutes les mutations, reste peu pratiquée du fait de l’absence de standardisation des techniques. Elle est effectuée par des laboratoires spécialisés. La recherche et l’étude systématique des souches résistantes est toutefois nécessaire au développement de nouvelles molécules antivirales, et pourra guider, lorsqu’un éventail plus large sera disponible, un véritable choix thérapeutique.The emergence of cytomegalovirus (CMV) resistant strains responsible for therapeutic failure is of major concern during prolonged antiviral treatments in immunocompromised hosts. Three polymerase inhibitors are used in clinical practice: ganciclovir (Cymevan®), cidofovir (Vistide®) and foscarnet (Foscavir®). These molecules are not active on latent virus. Ganciclovir (GCV) is the most frequently administered in curative or pre-emptive therapy, and in prophylaxis. Antiviral resistance therefore concerns essentially GCV. UL97 phosfotransferase mutations appear first during treatment. This kinase is responsible for the activation of GCV and acyclovir (ACV) in infected cells. Mutations within the UL54 viral polymerase can occur later. They are responsible for double resistance to GCV and cidofovir (CDV) and/or foscarnet. Resistant isolates can be identified by phenotypic assays. These methods are time-consuming and rely on the multiplication of the isolate in cell-culture. Molecular methods based on the detection of UL97 or UL54 resistance-related mutations may demonstrate resistance early because of its sensitivity. Rapid techniques have been developed. Though, they are limited to the most frequent UL97 mutations, and lack sensitivity in clinical samples. The complete sequence of UL97 and UL54 genes allows the detection of all the mutations, but is restricted to few laboratories, due to its lack of standardisation. However, the research of new resistance-related mutations is necessary to the development of antiviral molecules. It will be useful to enlarge the therapeutic choices in clinical practice when new molecules will be available.