Проведено исследование методики геоинформационного моделирования подтопляемых территорий речной долины. Создана анимационная ГИС-модель затопления исследуемого объекта - участок долины р. Есиль близ г. Петропавловска (Северо-Казахстанская область), что подвергается ежегодным интенсивным затоплениям. Моделирование сценария производилось на основе гидрологических характеристик, информации об уровнях поднятия воды за определенный период, а также данных о рельефе с использованием инструментариев ArcGIS ArcScene. Использованные методы - сравнительно-географический, картографический, наблюдение, полевые методы, ГИС-технологии. Исследование состоит из нескольких этапов, которые включают следующие задачи: сбор и обобщение аналитических данных о гидрологическом режиме, весеннем половодье, паводковых явлениях на р. Есиль, создание цифровой модели рельефа по данным SRTM, создание прогнозной модели затопления вблизи г. Петропавловска. Полученные результаты могут быть полезны для планирования и проведения мероприятий по предупреждению чрезвычайных ситуаций, связанных с паводковыми явлениями на реке.