Si bien, se contempla en el análisis que la política pública en investigación científica de la UNAH ha tenido una implementación sin sobresaltos (solo los ocurridos en el país, como el golpe de Estado en 2009 y la crisis financiera en 2008) que podría tener repercusiones en cambios agresivos de políticas públicas, coaliciones promotoras divergentes en la implementación, o problemas de financiamiento porque su fuente proviene del tesoro público, que afirma que dicha política pública cuenta con el compromiso de todos los miembros de la comunidad universitaria. La legitimidad del gobierno del sistema es considerable, ya que miembros del mismo sistema son quienes lo forman y tienen las atribuciones legales para la construcción y modificación de políticas públicas, esto es una fortaleza, a pesar de que la etapa de formulación de políticas las soluciones públicas y alternativas al problema público se construyeron en un momento de gran conflicto y no en las mejores condiciones del contexto, porque el período de mandato de la Comisión de Transición fue moderadamente corto. Aunque las tareas encomendadas por la Comisión de Transición, propuestas en 2005 en el Plan General de Reforma Integral de la UNAH, no se completaron, se desarrollaron acciones de política dirigidas a dichos productos, buscando su sostenibilidad.