A jabuticabeira é uma planta nativa da América do Sul e tem sofrido grande erosão genética devido à expansão da agricultura e desmatamento. Neste trabalho buscou-se investigar: a) o sistema reprodutivo de quatro espécies de Myrciaria spp. (Myrciaria cauliflora, M. jaboticaba, M. coronata e M. trunciflora); b) a compatibilidade de cruzamentos, utilizando tratamentos de polinização cruzada interespecíficos entre M. trunciflora x M. cauliflora e M. jaboticaba x M. coronata visando identificação de possíveis mecanismos de isolamento reprodutivos pós-zigóticos e c) relacionar a distância genética destas espécies e outros 14 táxons conservados ex situ, através de marcadores moleculares tipo RAPD. Os tratamentos reprodutivos mostraram que as jabuticabeiras são espécies autocompatíveis e não se observa apomixia. Os cruzamentos bidirecionais de polinização entre M. trunciflora x M. cauliflora e entre M. jaboticaba x M. coronata, produziram taxa de obtenção de frutos de 22 a 27% cujas sementes produziram plântulas normais evidenciando a falta de barreiras genéticas entre as espécies testadas, além de frutos abortados precocemente. Esta compatibilidade de intercruzamentos pode ser explorada no melhoramento genético, visando a transferência de caracteres de interesse em genótipos agronomicamente superiores. Foi encontrada pouca diferenciação genética entre os diferentes táxons, sugerindo que a similaridade genética observada não é compatível com a similaridade morfológica e os principais caracteres de valor taxonômico são polimórficos dentro do gênero.