Aim: This study aimed to evaluate the antibacterial and antifungal effects of different disinfection methods for infected root canals with Enterococcus faecalis or Candida albicans in vitro. Material and Methods: Hundred extracted, single-rooted human teeth with straight root canals were selected. After chemo-mechanical preparation of the root canals, except of those in the negative control group, contamination was performed using Enterococcus faecalis or Candida albicans for 7 days. The infected teeth were divided into three subgroups (n = 15) according to the disinfection method applied: photo‑activated disinfection, photon-induced photoacoustic streaming and 2.5% sodium hypochlorite irrigation. Microbial samples were collected from the root canals before and after disinfection. Hundred Colony forming units were counted, and data were statistically analysed. Results: All experimental groups showed significant reduction of Enterococcus faecalis and Candida albicans. Photon-induced photoacoustic streaming and sodium hypochlorite irrigation had similar antimicrobial effect, which was higher than photo‑activated disinfection for both microorganisms (p < 0.05). Conclusion: None of the testing methods for root canal disinfection was able to achieve complete elimination of microorganisms. However, the results of this study state that photon-induced photoacoustic streaming, photo‑activated disinfection and 2.5% NaOCl has significant antimicrobial effect against Enterococcus faecalis and Candida albicans biofilms in root canals. Key words: Candida albicans, Enterococcus faecalis, Photodynamic Therapy, Root Canal, Sodium Hypochlorite Foton ile İndüklenen Fotoakustik Dalgalanma Tekniği, Işıkla Aktive Edilen Dezenfeksiyon ve Sodyum Hipokloritin Enfekte Kök Kanallarındaki Antimikrobiyal Etkileri Öz Amaç: Bu çalışmada, Enterococcus faecalis veya Candida albicans ile enfekte edilmiş kök kanallarında farklı dezenfeksiyon yöntemlerinin antibakteriyel ve antifungal etkilerinin in vitro olarak incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: Çalışmada yüz adet çekilmiş, tek köklü, düz kanallı diş kullanıldı. Kök kanallarının kemo-mekanik preparasyonunun ardından, negatif kontrol grubu haricindeki dişler 7 gün boyunca Enterococcus faecalis veya Candida albicans ile enfekte edildi. Enfekte edilen dişler uygulanan dezenfeksiyon yöntemine göre ışıkla aktive edilen dezenfeksiyon, fotonla indüklenen fotoakustik dalgalanma tekniği veya %2.5 sodyum hipoklorit irigasyonu uygulanmak üzere üç alt gruba (n = 15) ayrıldı. Dezenfeksiyon öncesi ve sonrasında kök kanallarından mikrobiyal örnekler alındı. Koloni oluşturan birimler sayıldı ve veriler istatistiksel olarak analiz edildi. Bulgular: Tüm deney gruplarında, Enterococcus faecalis ve Candida albicans mikroorganizmalarında önemli ölçüde azalma gözlendi. Fotonla indüklenen fotoakustik dalgalanma tekniği ve sodyum hipoklorit irigasyonu benzer antimikrobiyal etkiye sahip bulunurken (p>0.05), her iki grubun gösterdiği antimikrobiyal etki ışıkla aktive edilen dezenfeksiyondan iki mikrooganizma türü için de daha yüksek bulundu (p<0.05). Sonuç: Uygulanan dezenfeksiyon yöntemlerinin hiçbiri ile mikroorganizmaların tümünün elimine edilmesi mümkün olmadı. Bununla birlikte, bu çalışmanın sonuçları; foton ile indüklenen fotoakustik dalgalanma tekniği, ışıkla aktive edilen dezenfeksiyon ve %2.5 sodyum hipokloritin kök kanallarındaki Enterococcus faecalis ve Candida albicans biofilmlerinde önemli ölçüde antimikrobiyal etkinliğe sahip olduğunu göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Candida albicans, Enterococcus faecalis, Fotodinamik Terapi, Kök Kanalı, Sodyum Hipoklorit