Objetivo. El objetivo de este estudio fue caracterizar las bacterias de una sala de autopsias veterinarias, su perfil de susceptibilidad antimicrobiana y probar la eficacia de dos desinfectantes frente a estos microorganismos. Materiales y métodos. Tres puntos de la sala en los que los profesionales normalmente no usan equipo de protección personal (EPP) al entrar en contacto directo con estas bacterias. Antes y después de la desinfección con hipoclorito y alquilbencenosulfonato sódico se realizaron recuentos anaeróbicos y aeróbicos mesófilos, luego se identificaron los aislamientos por sus características morfotintoriales y bioquímicas y su susceptibilidad antibiótica. Resultados. Los resultados preliminares indicaron que el hipoclorito fue el agente desinfectante de elección para la desinfección de superficies y contra las bacterias patógenas potenciales aislados más frecuentes como Staphylococcus spp (75%), E. coli y Klebsiella spp (15%) y Pseudomonas spp (10%). Además, el 25.0% de los estafilococos fueron resistentes a al menos un antimicrobiano probado y se tomaron en consideración Klebsiella spp, E. coli y Pseudomonas spp, se observó una amplia resistencia antimicrobiana probada. Conclusiones. La caracterización de estas bacterias encontradas en la sala de autopsias es importante para alertar a los profesionales sobre los riesgos biológicos a los que están expuestos, así como las precauciones que deben tomar.