이 연구에서는 제주자치경찰제의 긍정적 유산을 계승하고, 현재의 제주형 이원적 자치경찰제가 진정한 의미의 이원화 자치경찰제로 거듭나기 위한 제주자치경찰단의 조직구조 개편모델과 위상제고 방안을 논의하였다. 분석결과, 이 연구에서는 두 가지의 조직구조 개편모델을 도출하였다. 먼저, 「모델 1」은 제주자치경찰단을 과거 제주자치경찰제의 4단계 확대 시범 운영 당시의 조직규모와 사무범위로 확대하는 방안이다. 「모델 2」는 제주자치경찰단을 자치경찰본부 수준으로 직제를 확대하여 제주도경찰청의 자치사무는 물론, 나아가 지역경찰(지구대·파출소) 조직을 모두 제주자치경찰단의 사무로 통합하는 것이다. 무엇보다도 지방자치와 지방분권이라는 자치경찰제가 추구하는 근본적 이념에 부합하는 자치경찰제를 구현하기 위해서는 원칙적으로 「모델 2」의 방안으로 나아가는 것이 타당할 것이다. 다만, 「모델 2」는 관련된 많은 법률의 개정이 필요하다는 단점이 있으며, 관계기관 간 이견이 장기간에 걸쳐 조율되어야 하는 방안이라는 한계가 있다. 따라서 현실적으로는 「모델 1」의 방안으로 자치경찰단의 위상을 재정립할 필요가 있다. 특히, 현재의 제주형 이원적 자치경찰제 하에서는 「모델 1」의 방안을 적극 추진하는 것이 실현가능성이 있을 것이라고 본다. 이를 통해 과거 4단계 시범실시 과정과 같이 국가경찰의 일부 인력을 자치경찰단으로 이관하도록 하고, 이와 함께 자치경찰의 신규 인력을 충원함으로써 제주자치경찰단의 사무범위를 점차 확대해 나가는 것이 타당할 것이다.