El uso intensivo de suelo viene ocasionando diversas alteraciones en sus procesos fisicos, quimicos y biologicos, pudiendo la calidad del suelo ser evaluada por medio de indicadores. De esta forma, su objetivo con este trabajo es evaluar los bioindicadores de calidad de suelo de la biomasa microbiana en cultivo en asociacion y rotacion de cultivos en diferentes conjuntos de plantas (jatropha y cultivos anuales arroz, frijol, sorgo y soya) en el sur del Estado de Tocantins. Ese estudio fue conducido en el Laboratorio de Suelos de la Universidad Federal de Tocantins, Campus Universitario de Gurupi, en la localizacion de 11°43´45” de latitud y 49°04´07” de longitud. En el dia 03/04/2014 fueron retiradas las muestras de la capa de 0-20cm, fueron evaluados cinco tratamientos, siendo T1 – asociacion jatropha y arroz, T2- asociacion jatropha y frijol-caupi, T3- asociacion jatropha, frijol-caupi y arroz, T4- asociacion pinhao manso con rotacion de frijol-caupi y arroz, T5 – cultivo solo de jatropha, teniendo como referencia pasto degradado y sin cultivo en los ultimos 10 anos. Fueron evaluados, el carbono de la biomasa microbiana (Cmic), el nitrogeno de la biomasa microbiana (Nmic), los cuocientes metabolicos o relaciones Cmic/Nmic, la respiracion basal, el cuociente metabolico (qCO2), la actividad de la ureasa y β-glucosidasa. No hubo diferencia entre los tratamientos para la variable carbono de la biomasa microbiana, cuocientes microbianos, respiracion basal, cuociente metabolico, actividad de las enzimas ureasa y β-glicosidasa y el cultivo de asociacion intercalado de jatropha y frijol-caupi presentaron mayor valor en cuanto al nitrogeno de la biomasa microbiana.