Background: indigenous breeds are important for poor farmers because of their natural selection against harsh environments and adaptation to regional conditions. However, inbreeding of indigenous sheep populations has increased in Colombia due to indiscriminate cross-breeding with foreign animals and lack of reproductive controls, with subsequent loss in productivity, which poses a great risk for the conservation of valuable genes. Objective: to determine the genetic diversity in Colombian indigenous sheep by using a panel of 10 microsatellite molecular markers. Methods : blood samples from 362 individuals from 43 farms in 11 Colombian provinces were genotyped and analyzed for a panel of 10 microsatellite markers. Results: a total of 134 alleles were found (13.4 alleles/locus on average) with a range of observed and expected heterozygosity of 0.428 to 0.831 and 0.615 to 0.855, respectively, and 0.742 polymorphic information content (PIC). The average Wright F-statistics (F IS ) of the breeds was 0.107, suggesting moderate levels of inbreeding. Colombian sheep showed a low level of genetic differentiation among breeds (F ST = 0.054) and STRUCTURE analysis showed complex patterns of admixture in the breeds. Conclusion: overall, Colombian sheep have high genetic variability, which is very important for future conservation programs and genetic improvement. Keywords: conservation, DNA, genetic diversity, ovine cattle, population structure. Resumen Antecedentes: las razas animales autoctonas son importantes para los agricultores de escasos recursos a causa de su seleccion natural contra el duro ambiente y su adaptacion a condiciones regionales. Sin embargo en Colombia, debido al cruce indiscriminado con razas foraneas y a la falta de control de la reproduccion, ha aumentado la consanguinidad en las poblaciones de ovinos criollos y por lo tanto la perdida en la productividad, lo que supone un gran riesgo para la conservacion de genes valiosos. Objetivo: determinar la diversidad genetica en razas criollas de ovinos colombianos utilizando analisis por microsatelites. Metodos: se visitaron 43 granjas localizadas en 11 departamentos del pais, en las cuales se tomaron muestras de sangre a 362 individuos. Las muestras fueron genotipadas y analizadas para un panel de 10 marcadores microsatelites. Resultados: un total de 134 alelos fueron encontrados (13,4 alelos/locus en promedio), con un rango de heterocigocidad observada y esperada de 0,428 a 0,831 y 0,615 a 0,855, respectivamente, y un contenido de informacion polimorfica (PIC) promedio de 0,742. El Wright F-statistics (F IS ) promedio de las razas evaluadas fue 0,107, lo cual sugiere que las razas tienen niveles moderados de consanguinidad. Las ovejas colombianas presentaron un bajo grado de diferenciacion genetica entre las distintas razas (F ST = 0,054) y el analisis de STRUCTURE mostro complejos patrones de mezcla en las razas estudiadas. Conclusion: en terminos generales, las ovejas colombianas presentan una alta variabilidad genetica lo cual es muy importante para futuros programas de conservacion y mejoramiento genetico. Palabras clave: ADN, conservacion, diversidad genetica, estructura poblacional, ganado ovino. Resumo Antecedentes: as racas crioulas, devido a sua selecao natural em ambientes hostis e adaptacao as condicoes regionais, sao importantes para os agricultores de poucos recursos economicos. Porem, na Colombia, devido ao cruzamento indiscriminado com racas estrangeiras e a falta de controle na reproducao, tem aumentado a consanguinidade nas populacoes de ovinos crioulos e por tanto tem gerado perda na produtividade, o que faz supor um grande risco para a conservacao de genes valiosos. Objetivo: determinar a diversidade genetica em racas crioulas colombianas utilizando um painel de 10 marcadores moleculares microssatelites. Metodos: visitaram-se 43 granjas localizadas em 11 departamentos do pais, nos quais foram amostrados 362 individuos, que foram genotipados e analisados para um painel de 10 marcadores microssatelites. Resultados: um total de 134 alelos foram encontrados (media de 13,4 alelos/locus), com um rango de heterocigocidade observada e esperada de 0,428 a 0,831 e 0,615 a 0,855, respectivamente, e um conteudo de informacao polimorfica (PIC) medio de 0,742. O Wright F-statistics (F IS ) medio das racas avaliadas foi de 0,107, o qual sugere que as racas apresentam niveis moderados de consanguinidade. As ovelhas colombianas apresentaram um baixo grau de diferenciacao genetica entre as diferentes racas (F ST = 0,054) e o analise de STRUCTURE mostrou complexos patroes de mistura nas racas estudadas. Conclusao: em termos gerais, as ovelhas colombianas apresentaram uma alta variabilidade genetica, o qual e muito importante para futuros programas de conservacao e melhoramento genetico. Palavras chave: conservacao, diversidade genetica, DNA, estrutura populacional, gado ovino.