A infecção pelo papilomavírus humano (HPV) está entre as doenças sexualmente transmissíveis (DST) mais prevalentes no mundo. No entanto, ainda existem lacunas no conhecimento sobre a história natural da infecção por HPV em homens. Este estudo teve como objetivo determinar a prevalência de infecção por HPV em amostras de esfregaços penianos derivadas de uma população masculina clinicamente assintomática. Para tanto, 261 amostras foram coletadas entre janeiro de 2011 e julho de 2013 em diferentes instituições da cidade do Rio de Janeiro. As amostras foram coletadas da glande, corona, frênulo e sulco coronal. A identificação viral foi feita por meio das técnicas de Reação em Cadeia da Polimerase genérica e tipo-específica e de Polimorfismo do Comprimento do Fragmento de Restrição. A prevalência da infecção por HPV foi de 16,5% (43 indivíduos). O tipo de HPV mais prevalente foi o HPV6 (34,9%), seguido pelo HPV16 (23,3%), HPV11 (16,3%), HPV45 (9,3%) e HPV58 (2,3%). Assim, a infecção foi associada a tipos de baixo risco oncogênico em 53,7% dos indivíduos estudados e a tipos de alto risco oncogênico em 46,3% destes indivíduos. Resultados estatisticamente significativos foram encontrados para o grupo de homens que fazem sexo com homens, o grupo que afirma manter relações sexuais anais e indivíduos não circuncidados. Após ajustes estatísticos, o comportamento sexual e a não circuncisão permaneceram como fatores de risco independentes para a infecção por HPV. Acreditamos que estes resultados possam contribuir para uma visão mais clara a respeito da circulação do HPV na população masculina em geral, bem como para a identificação dos fatores de risco associados com a epidemiologia da infecção por HPV em nosso estado.