El presente artículo define la ruta metodológica usada en el proyecto “Red Hidrográfica de Referencia Vertical para los principales puertos marítimos Colombianos”, durante la generación del marco vertical de referencia denominado “Superficie Hidrográfica de Referencia Vertical (SHRV2016)” para las bahías de Buenaventura y Málaga en el Pacífico Colombiano, a partir de tres componentes principales: la determinación matemática de datums verticales asociados a registros históricos de nivel de agua, el establecimiento de una red de vértices geodésicos de primer orden, y la medición de alturas en la superficie del mar con referencia al elipsoide WGS84 (World Geodetic System), empleando receptores del sistema GNSS (Global Navigation Satellite System) en modo diferencial RTK (Real Time kinematic). Los puntos de referencia en tierra fueron utilizados para dar el control vertical de precisión hacia los datums en el agua, y a su vez para la instalación de receptores base GNSS encargados de enviar las correcciones diferenciales en tiempo real durante la medición de alturas en la superficie del mar; Estas mediciones junto a la densificación de datums verticales calculados para la zona, constituyeron la base en la elaboración de la SHRV2016, modelo que con una resolución espacial de 500 metros, refiere al elipsoide WGS84 los datums verticales de nivel de agua, y que además de estandarizar las mediciones que realizan los diferentes usuarios en las aguas jurisdiccionales relativas a un datum vertical; permite aprovechar las ventajas de la tecnología GNSS para realizar la medición y corrección de nivel de agua en tiempo real con el menor grado de incertidumbre posible durante la ejecución de levantamientos hidrográficos, optimizando tiempo, calidad y recursos, especialmente en lugares como las Bahías de Buenaventura y Málaga, donde el régimen de marea hace compleja la actividad de corrección debido a la variabilidad en rango y fase propia del sector, lo cual obliga a instalar múltiples estaciones mareográficas, realizar tareas de topografía y geodesia en lugares de difícil acceso, y esperar al termino del levantamiento hidrográfico para incluir los registros de las estaciones en la corrección final de las profundidades. En un mediano plazo, las SHRV permitirán la generación de un modelo completo de referencia de los datums de marea hacia el elipsoide, que abarque completamente los litorales y regiones insulares del país, hasta los límites del mar territorial, gracias a la combinación con datos de altimetría satelital e instrumentos de observación mar adentro como boyas GPS, que permitan la correcta fusión con los modelos generados a nivel local en cada una de las bahías y puertos.