O objetivo deste estudo foi realizar diagnóstico molecular de agentes microbiológicos (FHV-1, FCV, Mycoplasma felis e Chlamydophila felis) em gatos filhotes e associar a presença dos patógenos à gravidade dos sinais clínicos de conjuntivite. Foram coletadas um total de 108 amostras de suabe conjuntival de filhotes felinos assintomáticos (G1; n = 40) e sintomáticos (G2; n = 68). Animais do G2 foram categorizados de 1 (leve) até 4 (grave), de acordo com o quadro clínico de conjuntivite. As 108 amostras foram submetidas à PCR e RT-PCR. O FHV-1 foi detectado em 57,4% das amostras, o FCV em 37%, o M. felis em 10,2% e o C. felis em 24,1%. Coinfecções, por sua vez, foram detectadas em 36,1%. No G1, 70% das amostras foram positivas para um ou mais patógenos. No G2, 85,3% apresentavam infecções (P = 0,03). No G1, monoinfecções por FHV-1 foram diagnosticadas em 52,5% das amostras, por FCV em 5%, por C. felis em 2,5%, e em 30% das amostras analisadas nenhum dos patógenos estudados foi encontrado. Coinfecções, por sua vez, estavam presentes em 72,5% das amostras. No G2, monoinfecções por FHV-1 foram encontradas em 45,6% das amostras, por FCV em 14,7 %, por M. felis em 3% e por C. felis também em 3%. Nenhum dos patógenos estudados foi encontrado em 14,7% das amostras analisadas. Coinfecções, responsáveis por 52% dos casos, foram categorizados como Grau 1 (29,4%), Grau 2 (20,6%), Grau 3 (30,9%) e Grau 4 (19,1%). A presença de FHV-1 e FCV está igualmente distribuída entre as quatro categorias. Os sinais clínicos mais graves (graus 3 e 4) estão relacionados a coinfecções por C. felis e M. felis. Os agentes microbiológicos FHV-1, FCV, C. felis e M. felis foram encontrados em animais com conjuntivite. Coinfecções estão relacionadas aos casos mais graves. Por fim, concluiu-se que o diagnóstico molecular, além de detectar portadores assintomáticos, é um método rápido e acurado para o diagnóstico do patógeno causador da conjuntivite felina.