O objetivo deste trabalho foi responder se existe padrão na distribuição espacial das ninfas de Ephemeroptera em diferentes córregos e rios da bacia do Rio Suiá-Miçú, MT, e como os córregos estudados estão classificados de acordo com a composição de espécies. Na coleta foram amostrados 12 córregos e rios, em três períodos do ano. Foram coletados 1356 indivíduos, distribuídos em sete famílias, 31 gêneros e 42 espécies e/ou morfoespécies. Os locais mais abundantes foram ambientes semi-lênticos, com pouco sombreamento no leito, sugerindo que a maior entrada de luz disporia, além do material alóctone, material autóctone como fonte de alimento. A maior riqueza de espécie e/ou morfoespécie, estimada, foi em ambientes lóticos enfatizando que os Ephemeroptera apresentam maior riqueza nestes locais uma vez que a correnteza é essencial para transportar a matéria orgânica particulada. Tanto na análise de agrupamento (TWINSPAM) como na ordenação (DCA) observou-se a separação entre ambientes lóticos e semi-lênticos quanto a composição de espécies. Percebeu-se um gradiente na similaridade de composição dos ambientes lóticos de pequeno porte para ambientes lóticos de grande porte e, por fim, os semi-lênticos. Os resultados deste estudo demonstram que a estrutura física dos ambientes aquáticos afeta a composição de espécies. Dessa forma, a retirada das matas ciliares e o represamento dos córregos podem levar à perdas significativas na diversidade.