Рассмотрены теоретико-методологические аспекты эффективности проектно-программного управления в оборонно-промышленном комплексе. Показаны ключевые элементы применения проектного метода управления оборонно-промышленным комплексом в сочетании с программированием современных управленческих процессов, что позволит получать быструю реакцию на изготовление конкурентоспособной в мире продукции отечественного комплекса и обеспечение таким образом необходимой обороноспособности страны. Через инновационную систему науки и технологий, исходя из требований геополитической ситуации и того, насколько достаточны возможности национальной экономики реализовать потребности Вооруженных сил на требуемом инновационном уровне, определено понятие инновативности предприятий ОПК. Кроме того, в работе с учетом особенностей предприятий оборонно-промышленного комплекса предложены основные подходы к сокращению времени при программируемом прохождении стадий - от разработки проектно-конструкторской документации до серийного производства того или иного вида продукции в рамках конкретного проекта, что реализуется посредством опытно-серийного производства, которое программируется на технологическом и управленческом уровнях. В результате исследования сделан вывод об эффективности интеграционного подхода, позволяющего предприятиям оборонно-промышленного комплекса формировать инновационную систему управления опытно-серийным производством на основании вертикальной и горизонтальной интеграции.