Natural cerrado vegetation in São Paulo State now covers less than 7% of its original area and exists only as isolated fragments. Eighty-six sites in these priority cerrado conservation areas were surveyed using a rapid assessment technique. A total of 554 species of vascular plants, belonging to 77 families, was recorded. The vegetation types encountered comprised: campo sujo, campo cerrado, cerrado sensu stricto, cerradão, wet campo, riparian forest, swamp forest, ecotone cerrado/forest and seasonal semi-deciduous forest. Two-Way Indicator Species Analysis (TWINSPAN), Detrended Correspondence Analysis (DCA) and Unweighted Pair-Groups Method using Arithmetic Averages (UPGMA) revealed a weak similarity pattern based on geography, but divided the sites into two main structural groups: (a) areas where more open forms of cerrado occur (cerrado sensu stricto, campo cerrado); (b) areas where only forest physiognomies occur (cerradão, ecotone cerradão/seasonal semi-deciduous forest, or riparian forest). The first group tends to be located in the east and the second in the west of São Paulo State. Cerradão was the most frequent vegetation type, observed in 70% of the sites. Cerrado sensu stricto was recorded in only 31% of the sites. Casearia sylvestris and Byrsonima intermedia were the most widespread species, recorded in 90% and 88% of the sites, respectively. Only 10% of the species were found in 50% or more of the sites, while 19% of species were recorded at a single site only. There was a considerable difference in species number between sites, from a minimum of 29 at Taubaté to a maximum of 185 in one of those at Campos Novos Paulista. As shown in other studies, species richness is directly correlated with diversity of vegetation types occurring at a site (beta diversity). As expected, the seven richest fragments contain ecotonal vegetation, which combines both forest and cerrado elements.A vegetação de cerrado no Estado de São Paulo cobre atualmente menos de 7% da sua área original e existe apenas na forma de fragmentos isolados. Foram levantadas as espécies vegetais e descritos os tipos de vegetação, através de levantamentos rápidos, em 86 fragmentos considerados prioritários para conservação. No total foram amostradas 554 espécies, pertencentes a 77 famílias, ocorrendo em campo sujo, campo cerrado, cerrado, cerradão, campo úmido, mata ciliar, mata de brejo, ecótono cerrado/floresta e floresta estacional semidecidual. As analyses por meio de Two-Way Indicator Species Analysis (TWINSPAN), Detrended Correspondence Analysis (DCA) e Unweighted Pair-Groups Method using Arithmetic Averages (UPGMA) mostraram fraco padrão geográfico de similaridade, mas dividiram as áreas em dois grandes grupos: (a) fragmentos onde ocorrem formas campestres de cerrado (cerrado, campo cerrado), geralmente localizados na porção leste do Estado; (b) fragmentos onde a vegetação tem fisionomia florestal (cerradão, ecótono cerradão/floresta estacional semidecidual ou mata ciliar), geralmente localizados na porção oeste do Estado. Cerradão foi a fisionomia mais freqüente, observada em 70% dos fragmentos e cerrado sensu stricto em apenas 31%. Casearia sylvestris, registrada em 90% dos fragmentos, foi a espécie de distribuição mais ampla, seguida de Byrsonima intermedia, com 88% de freqüência. Apenas 10% das espécies ocorreram em pelo menos 50% dos fragmentos, sendo que 19% das espécies foram observadas em um único local. Verificou-se diferençca considerável entre fragmentos quanto ao número de espécies amostradas, variando desde um mínimo de 29 em Taubaté até o máximo de 185 espécies em Campos Novos Paulista. Conforme demonstrado em outros estudos, a riqueza está diretamente relacionada com a diversidade de tipos fitofisionômicos (diversidade beta). Os sete fragmentos com maior riqueza de espécies contêm vegetação ecotonal, com espécies de floresta e cerrado compartilhando o espaço.