최근 도청 이전 신도시, 위례신도시 등 두 개 이상 지자체를 포함하는 신도시(복합경계신도시) 개발이 증가하고 있다. 그러나 현행 도시개발제도는 단일 지자체 신도시를 대상으로 하고 있어, 복합경계 신도시의 개발과 관리를 위한 제도 개선이 필요하다. 다층적 거버넌스(Multi-level governance) 개념은 광역지자체와 기초지자체가 포함된 위례신도시에서 갈등이슈를 파악하고, 개발사업자와 주민까지 참여하는 협력 대안을 모색하는데 유리한 개념틀을 제공한다. 본 연구의 목적은 위례신도시를 사례로 다층적 거버넌스(Multi-level governance)의 개념틀을 활용하여 복합경계신도시의 개발과 관리 운영 과정에서 발생하는 갈등이슈를 파악하고, 협력적 관리방안을 제시하는 것이다. 이를 위해 관련자 및 전문가 인터뷰, 문헌연구, 전문가 포럼 등을 진행하였으며, 도시개발 관련 선행연구와 경제자유구역 등 유사사례로부터 시사점을 도출하였다. 본 연구의 주요 결과는 다음과 같다. 첫째, 위례신도시 개발 관리의 주요 부문을 학교 학군, 행정서비스, 공급처리시설, 도시기반시설로 구분하고, 각 부문별 갈등이슈를 분석하여 갈등구조를 파악하였다. 둘째, 위례신도시는 복합경계 신도시로서 행정구역 별 분리 관리와 통합 관리간의 대립, 광역적 관리 대 국지적 관리가 갈등의 기본축을 형성하고 있음을 확인하였다. 셋째, 위례신도시의 협력적 관리를 위해서는 최소한 지자체 행정협의회, 지자체조합, 전문관리기구의 세 가지 차원에서 Multi-level governance를 구성하여야 한다는 점을 향후 관리방안으로 제시하였다. Recently new town development projects are increasing including more than one local government such as provincial government new town and Wirye new town. Institution improvement for the development and management of complex boundary new town is necessary because present urban development institution is based on the new town of single local government. The concept of multi-level governance provide good conceptual frame in recognizing conflict issues and searching for a collaborative solution in Wirye new town. The purpose of this study is recognizing the conflict issues in the process of development and management and providing the collaborative management method using the conceptual frame of multi-level governance in Wirye new town. For this, we did interviews for the related persons and experts, reference research and professional forum. We drew some implications from the references about urban development and similar cases such as free economic zones. The main results of this study is as in the following. First, we categorised the main conflicts in the development and management in Wirye into 4 sectors, such school, administrative service, utility facilities and urban infrastructures. Then, we analysed the conflict issues of each categories and composed a conflict-structure of Wirye new town. Second, the structure of conflict in Wirye new town is composed of the confrontations between separated management and integrated management and between wide area management and local management. Third, for the cooperative management of Wiyre, we should construct multi-level governance in three dimensions of administrative council, local government association, and special management organization.