En este estudio se analizaron los eventos de floraciones algales nocivas (FAN) en cuatro estaciones de muestreo fijas en el Golfo de Nicoya durante el periodo de enero de 2008 a diciembre de 2010. Se recolectaron muestras de agua a 1 y 5 m de profundidad durante cada evento de FAN. Además, se midieron in situ los parámetros fisicoquímicos: profundidad del disco de Secchi, temperatura, salinidad, oxígeno disuelto y el porcentaje de saturación de oxígeno del agua. Los datos de radiación solar y precipitación fueron suministrados por el Instituto Meteorológico Nacional de Costa Rica. Se determinaron las concentraciones de las microalgas responsables y las especies asociadas. Se registraron 11 eventos, de los cuales el 72.7% se presentaron en la época lluviosa y un 27.3% en la época seca, la mayoría de éstos, durante el fenómeno atmosférico de La Niña. Las especies responsables fueron los dinoflagelados Alexandrium monilatum, Levanderina fissa, Cochlodinium polykrikoides y Prorocentrum minimum, la diatomea Skeletonema costatum y la cianobacteria Trichodesmium erythraeum. Las especies asociadas que se registraron con mayor frecuencia fueron los dinoflagelados Dinophysis caudata, Prorocentrum micans, Tripos fusus, Tripos furca y Protoperidinium conicum. Las FAN en el Golfo de Nicoya fueron más frecuentes durante la época lluviosa, probablemente debido a los aportes fluviales al sistema estuarino de los ríos Tempisque, Barranca y Grande de Tárcoles. Esa estacionalidad, en conjunto con las alteraciones provocadas por eventos atmosféricos globales como La Niña y El Niño, determinó la formación de FAN en el golfo durante el periodo de estudio.