En México el frijol es el grano fundamental de la dieta de la población por muchos siglos. Las características distintivas de los genotipos frijol pueden ser el resultado de la composición proteica de cada uno de ellos y la proteómica es una herramienta que incluye la caracterización de la expresión de las proteínas y de sus propiedades funcionales y estructurales. Se empleo esta estrategia para caracterizar tres principales materiales de frijol cultivados en Sinaloa. Se optimizó un método de extracción basado en precipitación con TCA/acetona, que permitió el análisis bidimensional de proteínas. Al comparar los genotipos Azufrado Regional 87, Azufrado Higuera y Noroeste: se encontró que existe una mayor homogeneidad entre las variedades Az. Higuera y Az. Noroeste, pero no así entre estas y la variedad Az. Regional 87. Este trabajo puede considerarse como el primer reporte donde se emplea proteómica para caracterizar granos de frijol.