En los ecosistemas acuáticos, la contaminación provoca una serie de modificaciones fisicoquímicas, repercuten en la composición y distribución de las comunidades presentes, las principales perturbaciones causadas en estos ecosistemas están relacionadas con la contaminación de origen doméstico, industrial, agrícola, minero y deforestación. Las algas son organismos que responden a impactos antropogénicos, convirtiéndose en buenos indicadores de calidad del agua, estos organismos, cuando se encuentran invariablemente en un ecosistema indican alguna condición medioambiental más o menos definida. El objeto de este estudio fue identificar los géneros de algas microscópicas indicadores de calidad del agua, presentes en las bocatomas de dos municipios del departamento del Quindío. El estudio se realizó en el departamento del Quindío, Colombia; en las bocatomas de los municipios de Salento y Montenegro, se realizaron dos salidas de campo en los meses de marzo y mayo para recolectar muestras de agua y medir las variables fisicoquímicas; Se realizó un análisis de comparación canónica entre la abundancia de algas y protozoos con respecto a las variables fisicoquímicas presentes, para esto se halló el índice de Shannon para los géneros de algas y protozoos encontrados en cada bocatoma. Se identificaron 20 géneros de Algas, 4 Protozoos y 3 Helmintos; se halló la presencia de coliformes totales para ambas bocatomas. Los géneros más abundantes de algas fueron Navicula y Oscilatoria los cuales se presentaron en todos los muestreos; los géneros de protozoos que mayor abundancia presentaron fueron Stylonychia y Colpidium y el género de Helmintos que se encontró para ambos muestreos fue Taenia.
 
 composition and distribution of the communities present, The main disturbances in these ecosystems are related to pollution from domestic, industrial, agricultural, mining and deforestation sources. Algae are organisms that respond to anthropogenic impacts, becoming good indicators of water quality, these organisms, when found invariably in an ecosystem indicate some more or less defined environmental condition. The aim of this study was to identify the microscopic algal genera, indicators of water quality, present in the mouths of two municipalities in the department of Quindío. The study was conducted in the department of Quindío, Colombia; in the mouths of the municipalities of Salento and Montenegro, two field trips were made in the months of March and May to collect water samples and measure physicochemical variables; A canonical comparison analysis was made between the abundance of algae and protozoa with respect to the physico-chemical variables present, for this the Shannon index was found for the genera of algae and protozoa found in each mouthpiece. We identified 20 genera of Algae, 4 Protozoa and 3 Helminths; we found the presence of total coliforms for both mouthfuls. The most abundant genera of algae were Navicula and Oscillator, which occurred in all the samples; The most abundant protozoa genera were Stylonychia and Colpidium, and the genus of Helminths found for both samples was Taenia.