Bahoi village is located in West Likupang District of North Minahasa Regency. It is one of the villages that is included in the conservation network of North Sulawesi Province. A marine sanctuary has been established in this village in 2003 and it has been managed by local community, known as community-based marine sanctuary management, since then, this sanctuary has been in operation. As a small community-based marine protected area with lots of users, it requires an appropriate method to determine the Core Zone that allows an effective preservation of the marine biota. This is the driving factor of this study. The purpose of this study is to examine the processes and output of determining the core zone of a Marine Sanctuary using a conventional method and Marxan Method. The conventional method is a simple method in determining a core zone such as using manta tow technique. While Marxan, it only requires input of data such as spatial and figures to generate information for determining the core zone. After comparing the processes of these two methods in the study site, it was found that Marxan method was more effective and more accurate with lower costs than the conventional one. In addition, the final decision of the core zone depended on the outcome of the village meetings when the conventional method was applied. This long process could be avoided when Marxan method was used. Therefore, it is highly recommended to use Marxan in determining core zones© Desa Bahoi terletak di Kecamatan Likupang Barat Kabupaten Minahasa Utara. Desa ini merupakan salah satu desa yang masuk dalam jejaringan kawasan konservasi di Provinsi Sulawesi Utara. Sebuah Daerah Perlindungan Laut telah didirikan di desa ini pada tahun 2003 dan dikelolah oleh masyarakat setempat, yang dikenal sebagai pengelolaan Daerah Perlindungan Laut Berbasis Masyarakat, sejak saat itu Daerah Perlindungan Laut ini telah beroperasi. Sebagai Daerah Perlindungan Laut Berbasis Masyarakat yang kecil namun memiliki banyak pengguna, diperlukan metode tepat yang akan menentukan Zona Inti yang memungkinkan pelestarian biota laut menjadi sangat efektif. Ini adalah faktor pendorong dari penelitian. Selanjutnya, tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkaji proses dan hasil penentuan zona inti Daerah Perlindungan Laut dengan menggunakan metode konvensional seperti survei manta tow dan marxan. Metode konvensional adalah metode sederhana dalam menentukan zona inti seperti teknik manta tow. Sedangkan marxan, hanya perlu memasukan data seperti spasial dan angka untuk menghasilkan informasi penentuan zona inti. Setelah membandingkan proses dari dua metode di lokasi penelitian, ditemukan bahwa metode marxan jauh lebih baik dari pada metode konvensional, karena lebih efektif, lebih akurat dengan biaya yang lebih rendah. Selain itu, keputusan akhir dari zona inti tergantung pada hasil rapat desa ketika metode konvensional diterapkan, proses panjang ini dapat dihindari jika metode marxan digunakan©