Resumo Com o objetivo de avaliar a qualidade microbiológica de águas e ostras de bancos naturais e ostreiculturas localizados na ilha de São Luís (MA), foram analisadas no período de setembro de 2020 a fevereiro de 2021 60 amostras, sendo 30 de água e 30 de ostras (Crassostrea sp.), coletadas diretamente com os marisqueiros e proprietários de cultivos nos municípios da ilha de São Luís. Para a determinação de coliformes totais e Escherichia coli nas amostras de água, foi utilizado o método rápido Colilert®. A contagem de coliformes totais e termotolerantes em ostras foi realizada pelo método do número mais provável (NMP) e de E. coli por testes bioquímicos (Indol, VM, VP, Citrato). A enumeração de Staphylococcus coagulase positiva ocorreu pelo meio Baird Parker para isolamento e identificação, assim como por testes bioquímicos. A média geométrica do resultado da contagem de E. coli nas amostras de água variou entre 604,3 e 1.130,8 NMP/100 mL, indicando qualidade microbiológica insatisfatória. Quanto às amostras de ostras, oito (26,7%) das 30 amostras estavam impróprias para consumo, sendo quatro (13,3%) contaminadas por Salmonella sp. e E. coli, respectivamente. Segundo a Resolução da Diretoria Colegiada nº 331/19 e a Instrução Normativa nº 60 da Agência Nacional de Vigilância Sanitária, os resultados são preocupantes para a saúde pública, e recomendam-se ações mitigadoras, como o monitoramento regular da qualidade microbiológica da água.