The characterization of TBEV of European subtype circulating in Siberia, Russia

I V Kozlova,Yu P Dzhioev,N V Tikunova,O V Suntsova,O V Lisak,Yu S Savinova,S E Tkachev,D Ruzek,T V Demina,E K Doroshchenko,A I Paramonov,V I Zlobin,M M Verkhozina

doi:10.31631/2073-3046-2016-15-6-30-40

Abstract

The aim of the study was to obtain the complex characteristics of tick-borne encephalitis virus (TBEV) of European subtype circulating in Western and Eastern Siberia. Using full-genome sequencing approach it was demonstrated that TBEV strains of European subtype isolated in Siberia are genetically similar to the strains from European part of its habitat range, and with the representatives from South Korea. It was confirmed that the homology of TBEV strains of European subtype isolated in different parts of the virus habitat area from Scandinavian countries in the west to the eastern borders of the area (South Korea) is much higher than the homology level of TBEV strains of Far Eastern and Siberian subtypes. The Siberian population of TBEV of European subtype is presented with two groups of strains called as Eastern Siberian and Western Siberian variants, which differ in the combinations of amino acid substitutions in all proteins except NS2B protein. It is found that TBEV strains of European subtype from Siberia possess high neurovirulence, but some of them, like strains from Europe, demonstrate low invasiveness. It is shown that TBEV strains of European subtype have good adaptive capacity, and therefore, can easily adapt to the circulation in various biocenoses in the territory of different landscape-geographical zones. It was found that the circulation of TBEV of European subtype is fixed in Siberia territory for over 40 years. It was emphasized that in spite of circulation of TBEV of European subtype in the significantly different areas by climatic conditions, topography, landscape, habitat characteristics it possesses a high degree of genome stability.

Highlights

Каждый из субтипов вируса обладает собственным ареалом, в пределах которого отмечается его абсолютное доминирование
Результаты сопоставления кодирующей области 140 полногеномных последовательностей вируса Клещевой энцефалит (КЭ) c помощью компьютерной программы MEGA5 [8] методом объединения ближайших соседей с использованием 2- параметрической модели Кимуры
Vector-borne and zoonotic diseases. 2011; 11 (6): 641 – 647

Summary

Змеиногорский район Алтайского края

Примечание: *отмечены штаммы, полные геномы которых были расшифрованы в ходе исследования. Признак rct определяли на 6-й день после зара жения и оценивали по разнице lg титров вируса при культивировании штаммов на культуре клеток СПЭВ при температуре 37 °С и 42 °С. Результаты и обсуждение В ходе проведения цикла работ по исследованию генетической вариабельности ВКЭ на территории Сибири нами было выявлено 13 штаммов вируса европейского субтипа Для получения генетической характеристики ВКЭ европейского субтипа, циркулирующего на территории Сибири нами были расшифрованы полногеномные последовательности восьми штаммов. При сопоставлении полученных данных с последовательностями, имеющимися в GenBank, было установлено, что исследуемые штаммы, как и ожидалось, вошли в состав группы европейского субтипа ВКЭ Как кодирующей области генома, так и соответствующей ей последовательности полипротеина среди групп штаммов трех основных субтипов, различия у штаммов ВКЭ европейского субтипа оказались минимальными, что свидетельствует о более высокой степени их генетической однородности, чем у штаммов дальневосточного и сибирского субтипов Штаммы от больных КЭ людей помечены ромбами восточносибирский вариант сибирской популяции западносибирский вариант сибирской популяци и

Joutseno Finland

Алтайские штаммы

Far Eastern subtype

Также была определена способность штаммов

Findings

Выраженность признака