Abstract
The results of research of soil microbiome of plants: Capsicum annuum, Vitis vinifera, Rubus idaeus L., Petroselinum crispum cultivated in open and closed ground are presented. The biological activity of the soil under the condition of using different agrotechnologies is investigated. The taxonomic structure of microbial community has been determined by biochemical markers. The screening of conditionally pathogenic and pathogenic microorganisms of soil microbiome that have multiple antibiotic resistances is performed. It is established that modern agroecosystems are the source of the spread of pathogenic and opportunistic antibiotic resistant microorganisms. In total, 64 isolates were selected and tested. Antibiotic resistance anaerobic microbiota were isolated from the closed ground where raspberry was cultivated: Clostridium perfringens (resistant to erythromycin, clindamycin, tetracycline, rifampicin, amoxicillin, moderately sensitive to metronidazole and vancomycin sensitive), Clostridium oedematiens (moderately susceptible to amoxicillin and vancomycin), Clostridium difficile (only sensitive to metranidazole). A significant number of aerobic microorganisms with multiple antibiotic resistances were isolated from the closed ground where raspberry is cultivated: Enterobacter cloacae, Enterococcus faecalis, Hafnia alvei, Bacillus megaterium, Bacillus mycoides, and Pseudomonas aeruginosa. The following bacteria were isolated from the agroecosystem of parsley: Bacillus mycoides, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Bacillus cereus, Salmonella enterica, Enterococcus faecalis. It has been established that the most spread antibiotic resistant aerobic and anaerobic microbiota in closed ground agroecosystems of raspberry and parsley. Consequently, agroecosystems are the source of the spread of pathogenic and opportunistic microorganisms with multiple antibiotic resistance and endangering human health.
Highlights
Ґрунт є основним визначальним природним самовідновлювальним ресурсом, середовищем, у якому формується біологічне різноманіття живих організмів [1, 2]
Що виділення рослин впливають на формування ґрунтового мікробіому та його функції, чисельність різних еколого-трофічних і фізіологічних груп мікроорганізмів та їх видове різноманіття
Сучасні антибіотики характеризуються тривалим періодом напіврозпаду, а потрапляючи в організм тварин, вони лише частково метаболізуються в печінці (30–60% введеної дози), виводяться разом із фекаліями і сечею та потрапляють у довкілля
Summary
Досліджено мікробіом ґрунту культурних рослин Capsicum annuum, Vitis vinifera, Rubus idaeus L., Petroselinum crispum, які вирощували в умовах закритого і відкритого ґрунту, та визначено таксономічну структуру угруповань мікроорганізмів із використанням біохімічних маркерів. Представників анаеробної мікробіоти, що володіють множинною антибіотикорезистентністю, виділено із закритого ґрунту агроценозу малини: Clostridium perfringens (стійкий до еритроміцину, кліндаміцину, тетрацикліну, ріфампіцину, амоксициліну; помірно чутливий до метронідазолу і чутливий до ванкоміцину), Clostridium oedematiens (помірно чутливий до амоксициліну і ванкоміцину), Clostridium difficile (чутливий лише до метранідазолу). Значну кількість аеробних мікроорганізмів із множинною антибіотикорезистентністю виділено із закритого ґрунту агроценозу малини (Enterobacter cloacae, Enterococcus faecalis, Hafnia alvei, Bacillus megaterium, Bacillus mycoides, Pseudomonas aeruginosa) і петрушки (Bacillus mycoides, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Bacillus cereus, Salmonella enterica, Enterococcus faecalis). Метою нашої роботи було дослідити мікробіом ґрунту агроценозу культурних рослин Capsicum annuum, Vitis vinifera, Rubus idaeus L., Petroselinum crispum, які вирощували у відкритому та закритому ґрунті
Sign-in/Register to view highlights & summary Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callDisclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
