Abstract
We have fulfilled in silico research of number, structure, distribution and location of direct and inverted repeated sequences in eight complete genomes of unicellular cyanobacteria. Analysis of whole genome repeats has shown utility of this approach for purposes of molecular phylogeny and ecological genomics. Comparative analysis of nonrandom repeats patterns has allowed: 1) to confirm the close genetic relationship of two Prochlorococcus marinus strains (MED4 and SS120) that have reduced genomes and inhabit the econiches with different light intensities; 2) to suggest the close phylogenetic relationship of genomes Prochlorococcus marinus MIT9313 and Synechococcus WH8102 that significantly differ by sets of lightharvesting photosystem; 3) to reveal specific differences in genome organization between marine and freshwater cyanobacteria.
Highlights
ГЕНЕТИКА ПОПУЛЯЦИИ И ЭВОЛЮЦИЯИсследование in silico струк туры, количества, распределения и локализации (внутригенной и межгенной) прямых и инверти рованных повторяющихся после довательностей в геномах восьми одноклеточных цианобактерий показало перспективность такого подхода в полногеномном анали зе для решения задач молекуляр ной филогении и экологической геномики
Боль шинство близко расположенных повторов, находящихся между соседними открытыми рамками считывания (ОРС) в одном межгенном участке, являются тандемными повто рами коротких участков ДНК; Геном штамма
SUMMARY: We have fulfilled in silico research of number, structure, distribution and location of direct and inverted repeated sequences in eight complete genomes of unicellular cyanobacteria
Summary
Исследование in silico струк туры, количества, распределения и локализации (внутригенной и межгенной) прямых и инверти рованных повторяющихся после довательностей в геномах восьми одноклеточных цианобактерий показало перспективность такого подхода в полногеномном анали зе для решения задач молекуляр ной филогении и экологической геномики. В частности, цианобактерии, относящиеся к роду Synechococcus могут находиться на дендрограмме 16S РНК генов на отдаленном расстоя нии друг от друга, в то время как некоторые из них имеют высокую степень филогенетической близости к оксифотобактериям рода Prochlorococcus, от личающимся от других цианобактерий по белкам светособирающих комп лексов аппарата фотосинтеза [14]. В нашей работе для исследования геномов одноклеточных цианобактерий использован новый подход, базирующийся на сравнительном анализе in silico протяженных совершенных повторяющихся последовательностей, наличие и распределение которых в геномах разных видов и штаммов может отражать филогенетические связи организмов
Sign-in/Register to view highlights & summary Sign-in/Register to access full text options 
Free) 
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a call
