Abstract
It was established that groEL genes can be used as molecular genetic markers for species identification of Rhodococcus bacteria. A restriction analysis scheme was developed for the PCR products of groEL genes using restriction enzymes BglI, NarI, SfiI, SinI, and RseI to identify the species of natural Rhodococcus bacteria. Fifty-two genome loci determining the resistance to stressful environmental condition were annotated in genome of R. pyridinivorans strain 5Ap (i.e. 49 structural and 4 regulatory genes that determine the synthesis of 23 heat shock proteins, 9 universal stress proteins, 17 P450 cytochromes). The unique nucleotide sequences encoding the synthesis of the heat shock protein DnaK (1 plasmid gene) and P450 cytochromes (2 chromosomal and 1 plasmid) were found among these genes. Thus, they can be used for molecular typing of the biotechnological R. pyridinivorans strain 5Ap.
Highlights
It was established that groEL genes can be used as molecular genetic markers for species identification of Rhodococcus bacteria
В этом плане наиболее разнообразными являются группа В и С
The work is done within the frame workof the subprogram “Microbial Biotechnology” of the State Program of Scientific Research “Biotechnology” for 2016–2020
Summary
Примечание. * – аминокислоты обозначены согласно общепринятой номенклатуре, ** – аминокислоты соответствуют уникальным аминокислотным последовательностям, характерным для группы. * – аминокислоты обозначены согласно общепринятой номенклатуре, ** – аминокислоты соответствуют уникальным аминокислотным последовательностям, характерным для группы. Можно заключить, что белки GroEL2 отличаются у бактерий разных групп и имеют внутригрупповые отличия. Исключение составили идентичные белки теплового шока бактерий R. erythropolis и R. qingshengii (группа D). Однако сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей генов groEL2 данных бактерий с таковыми представителей других групп позволил выявить определенную закономерность. Все исследованные штаммы R. erythro polis и R. qingshengii имели 11 одинаковых точечных нуклеотидных замен, отличающих их от всех остальных бактерий рода Rhodococcus. При этом все выявленные мутационные изменения являлись синонимическими, не меняющими смысл кодонов Уникальные точечные синонимические мутации генов groEL2 бактерий R. erythropolis и R. qingshengii
Sign-in/Register to view highlights & summary Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callMore From: Proceedings of the National Academy of Sciences of Belarus, Biological Series
Disclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
