Abstract
<strong>Objective</strong> Build a theoretical molecular model of the tertiary structure of the Homo sapiens 5HT2A receptor from experimentally obtained structures as templates. <strong>Materials</strong> <strong>and methods</strong> In the construction of the theoretical model we considered the protocol established by Ballesteros and Weinstein for the construction of the G-protein coupled receptor, by the alignment of the amino acid sequence, hydrophobicity profiles, refinement of loops by spatial restrictions and energy minimization with the force field OPLS_2005. <strong>Results</strong> The resulting model was validated by the Ramachandran plot with 91.7% of amino acids within the limits set for angles phi and psi and a RMSD of 0.95 Å with respect to bovine rhodopsin. <strong>Conclusions</strong> We obtained a validated theoretical model useful in studies of ligand-receptor docking.<br /><strong>Key words</strong>: G protein receptor, hydrophobicity profile, Ramachandran plot, orthosteric site, molecular modelling.
Highlights
En este trabajo se ha construido un modelo teórico del receptor 5HT2A, utilizando múltiples alineamientos de la secuencia con estructuras α y β adrenérgicas obtenidas experimentalmente como plantillas, fusión de dos propuestas de modelos basados en su estructura y sometido a su respectiva validación
Modelo final obtenido 5HT2A de Homo sapiens de interacciones no enlazantes por simulaciones de Monte Carlo, debido a que en el proceso de refinamiento se producen movimientos en los bucles y hélices transmembranales generando cambios conformacionales representados en energía libre alrededor del modelo
En el presente trabajo se ha seguido el protocolo planteado por Ballesteros y Wenstein en el año de 1995 establecido para la construcción de modelos teóricos de receptores acoplados a proteína G, enfocados en: aminoácidos específicos que son conservados en cada una de las hélices que atraviesan la membrana; perfiles de hidrofobicidad que demuestran las características químicas de los aminoácidos dando posibilidades de los límites transmembranales; asegurar la correcta conformación de la estructura por medio de la evaluación geométrica (Gráfico Ramachandran)
Summary
Modelo molecular teórico del receptor serotoninérgico 5HT2A acoplado a proteína G. Construir un modelo molecular teórico de la estructura terciara del receptor 5HT2A de Homo sapiens a partir de estructuras obtenidas experimentalmente como plantillas. Para la realización del modelo teórico se contempló el protocolo establecido por Ballesteros y Weinstein para la construcción del receptor acoplado proteína G, por medio de alineamiento de la secuencia de aminoácidos, perfiles de hidrofobicidad, refinamiento de bucles por restricciones espaciales, y minimización de energía con el campo de fuerza OPLS_2005. El modelo obtenido fue validado por el gráfico de Ramachandran con un 91,7% de aminoácidos dentro de los límites establecidos para ángulos phi y psi, y un RMSD de 0,95 Å con respecto a rodopsina de bovino. Palabras clave: receptor proteína G, perfil hidrofobicidad, gráfico Ramachandran, enlace ortoestérico, modelaje molecular
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