Abstract
O rúmen é um dos compartimentos do trato-gastrointestinal (TGI) de animais ruminantes e é colonizado por microrganismos anaeróbios, como bactérias, fungos, vírus, archeas metanogênicas e protozoários. Visando contribuir para o conhecimento da microbiota ruminal, este estudo tem por objetivo compreender a morfologia e um pouco das relações filogenéticas de protozoários ciliados de caprinos domésticos. Para tal, a caracterização morfológica dos ciliados foi feita e abundância genérica estimada utilizando-se preparações semipermanentes à base de iodo. As relações filogenéticas foram inferidas baseando-se em Máxima Verossimilhança. De acordo com as análises, dez géneros de protozoários ciliados pertencentes a duas famílias foram identificados. Entodinium foi o género mais abundante e o género menos abundante foi o Polyplastron. Em termos de prevalência, os géneros Entodinium e Dasytricha foram os mais prevalentes (100%) e Ophryoscolex menos prevalente (28.57%). A hipótese filogenética mostrou que as espécies registradas no rúmen de caprinos de Montepuez, formam um grupo merofiletico.
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