Abstract
Flanking monomer repeats define lower context complexity of sites containing single nucleotide polymorphisms in the human genome
Highlights
Контекстная сложность сайтов однонуклеотидных полиморфизмовКомбинаторная, или лингвистическая, сложность определяется как отношение числа встретившихся слов к числу всех возможных слов в последовательности заданной длины (Troyanskaya et al, 2002): Cling.
Чем меньше повторов всех длин, чем больше разнообразие найденных слов, тем больше сложность последовательности.
Рассмотрим величину Сvar на примере коротких олигонуклеотидов длины 6: олигонуклеотид AAAAAA в интуитивном понимании проще, чем AAATAA, который в свою очередь проще ATGCGA; таким образом, в рамках введенной меры AAAAAA имеет сложность 0, AAATAA – 0,4 (2/5), ATGCGA – 1 (5/5).
Summary
Комбинаторная, или лингвистическая, сложность определяется как отношение числа встретившихся слов к числу всех возможных слов в последовательности заданной длины (Troyanskaya et al, 2002): Cling. Чем меньше повторов всех длин, чем больше разнообразие найденных слов, тем больше сложность последовательности. Рассмотрим величину Сvar на примере коротких олигонуклеотидов длины 6: олигонуклеотид AAAAAA в интуитивном понимании проще, чем AAATAA, который в свою очередь проще ATGCGA; таким образом, в рамках введенной меры AAAAAA имеет сложность 0, AAATAA – 0,4 (2/5), ATGCGA – 1 (5/5). Лемпеля – Зива наиболее эффективно выделяет длинные повторы, а мера чередования символов более чувствительна к наличию политрактов (Орлов, 2004; Orlov et al, 2006). Что в районе мутации в скользящем окне профиля происходит резкое изменение сложности (Safronova et al, 2015) Дальнейший анализ показал, что сложность последовательности в скользящем окне возрастает к точке полиморфизма, а после нее симметрично убывает, в районе ОНП происходит скачок сложности. Дополнительные материалы см. в Приложении 1 по адресу: http://www. bionet.nsc.ru/vogis/download/pict-2015-12/appx1.pdf
Sign-in/Register to view highlights & summary 
Published Version (
Free)
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a call