Esperdimina como agente inhibidor de la proteína de la distrofia muscular miotónica tipo 1 (MBNL‐1) empleando química computacional

Abstract

La Espermidina es un poliamina que podemos encontrar en frutas, verduras, productos cárnicos y lácteos; además de ser conocida por su papel modulador de funciones del ADN, ARN, nucleótidos trifosfatos y proteínas. Según, estudios experimentales recientes demostraron que cumple una función inhibitoria sobre la proteína relacionada con la patogénesis de la distrofia miotónica tipo 1 (MBNL‐1) dando luces a esta enfermedad aun sin cura; sin embargo, estos estudios no han proporcionado suficientes datos para aclarar su capacidad inhibitoria. En este trabajo se comprobó la interacción existente entre la espermidina y la proteína MBNL‐1 mediante química computacional. El análisis mediante el uso de mecánica cuántica (QM) se llevó a cabo con la funcional CAM‐ B3LYP usando un set de base TZVP. En relación a la mecánica molecular (MM) se utilizó un campo de fuerza OPLS‐aa, seguidamente se realizó una solvatación de la proteína MBNL‐1 estabilizándose en menos de 0.3nm. Se empleó un ensamble canónico NVT donde la temperatura, número de moles y volumen permanecieron constantes asemejando así la simulación a una temperatura fisiológica a la del ser humano. Adicionalmente, el análisis de Ramachandran permitió validar la estructura la cual se conservó a través del tiempo (100ns) obteniendo un 98.4% de certeza. Finalmente quedó demostrado que la interacción in silico de la espermidina‐MBNL‐ 1 fue tan semejante como la interacción reportada in vivo e in vitro.