EPIDEMIOLOGIC SITUATION BY NATURAL-FOCI INFECTIONS IN THE CRIMEA FEDERAL DISTRICT IN 2014 - 2015

А Ю Попова ,Ya V Lisitskaya,O V Maletskaya,V M Dubyansky,G I Lyamkin,N A Penkovskaya,Yu M Evchenko,Д С Агапитов ,Oxana A Belova ,Л И Шапошникова ,А С Волынкина ,N K Shvarsalon ,І С Коваленко ,И В Жарникова ,Н В Цапко ,С Н Тихонов ,A A Nadolny ,Igor Evstafiev ,А Н Куличенко ,S N Yakunin ,Е С Котенев ,Н Н Товпинец ,Н Ф Василенко ,Т Н Самодед ,Л С Зинич ,Irina Samarina

doi:10.36233/0372-9311-2016-2-62-69

Abstract

Analysis of epidemic manifestations of natural-foci infections (NFI), clarification of spectrum of their causative agents, determination of epizootic activity of natural foci in the Crimea Federal District (KFD). Epizootologic examination of 10 administrative districts of KDF was carried out. 291 pools (2705 specimens) of ixodes ticks and 283 samples of organs of small mammals were studied by PCRmethod for the presence of DNA/RNA of causative agents of a number of NFI. Morbidity by NFI in KFD was registered by 6 nosologies: Lyme borreliosis, Marseilles fever, leptospirosis; tularemia, intestine yersiniosis and tick-borne viral encephalitis, wherein, transmissive infections made up 91.6%. Circulation of causative agents of Crimea hemorrhagic fever, Q fever, group of tick-borne spotted fever, Lyme borreliosis, human granulocytic anaplasmosis, human monocytic ehrlichiosis, hemorrhagic fever with renal syndrome, West Nile fever, tularemia and leptospirosis was established. Due to activity of natural foci of NFI further monitoring of epidemiologic and epizootologic manifestations of these infections in the Crimea, including using genetic methods of analysis, is necessary for ensuring sanitary-epidemiologic welfare of KFD population.

Highlights

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫВ эпидсезон (весна—осень) 2014 — 2015 гг. проведено эпизоотологическое обследование окрестностей 35 населенных пунктов 10 административных районов КФО (Бахчисарайского, Белогорского, Ленинского, Сакского, Симферопольского, Судакского, Феодосийского, Черноморского, Ялтинского и Алуштинского), находящихся в различных ландшафтно-географических зонах.
Было выставлено 1294 ловушко-ночей, поймано 78 мелких млекопитающих, осенью — 1500 ловушко-ночей, добыто 450 мелких млекопитающих.
Молекулярно-генетическое типирование вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки (ККГЛ) осуществляли методом прямого секвенирования трех участков генома вируса: фрагментов 115 — 652 кодирующей области малого (S) сегмента генома (538 п.о.), фрагмента 4620 — 5075 кодирующей области среднего (М) сегмента генома (435 п.о.) и фрагмента 105 — 541 кодирующей области большого (L) сегмента генома (437 п.о.) с последующим филогенетическим анализом (позиции фрагментов приводятся по полноразмерным последовательностям S-, M-, и L-сегментов генома штамма ROS/HUVLV-100, GenBank DQ206447, DQ206448, AY995166).

Summary

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

В эпидсезон (весна—осень) 2014 — 2015 гг. проведено эпизоотологическое обследование окрестностей 35 населенных пунктов 10 административных районов КФО (Бахчисарайского, Белогорского, Ленинского, Сакского, Симферопольского, Судакского, Феодосийского, Черноморского, Ялтинского и Алуштинского), находящихся в различных ландшафтно-географических зонах. Было выставлено 1294 ловушко-ночей, поймано 78 мелких млекопитающих, осенью — 1500 ловушко-ночей, добыто 450 мелких млекопитающих. Молекулярно-генетическое типирование вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки (ККГЛ) осуществляли методом прямого секвенирования трех участков генома вируса: фрагментов 115 — 652 кодирующей области малого (S) сегмента генома (538 п.о.), фрагмента 4620 — 5075 кодирующей области среднего (М) сегмента генома (435 п.о.) и фрагмента 105 — 541 кодирующей области большого (L) сегмента генома (437 п.о.) с последующим филогенетическим анализом (позиции фрагментов приводятся по полноразмерным последовательностям S-, M-, и L-сегментов генома штамма ROS/HUVLV-100, GenBank DQ206447, DQ206448, AY995166). Генетическое типирование риккетсий группы КПЛ проводили методом MLST с расшифровкой нуклеотидных последовательностей 6 генов (17kDa, atpA, dnaK, gltA, ompA, ompB) [Torina A. et al, 2012]. ПЦР-продукты очищали с помощью набора реагентов AxyPrepTM PCR Cleanup Kit (Axygen Biosciences, США). Расшифровку нуклеотидных последовательностей полученных ПЦР-продуктов осуществляли на автоматическом секвенаторе «ABI 3500 Genetic Analyser» (Applied Biosystems, США) с набором реагентов «Big Dye Terminator Kit v.3.1.», амплифицированная ДНК была секвенирована по обеим цепям

РЕЗУЛ ЬТАТ Ы

КРАТКИЕ СООБЩЕНИЯ