Abstract
The aim was to develop a short MLVA-typing scheme of the causative agent of glanders and to assess the possibility of its use for differentiation of Burkholderia mallei strains and study their genetic polymorphism.Materials and methods. The study was carried out on 14 B. mallei strains from the collection of the Volgograd Research Institute for Plague Control and 12 whole genome sequences of the B. mallei strains presented in GenBank NCBI. A set of 32 loci proposed for differentiation of the melioidosis pathogen was used to select VNTR-loci for typing the causative agent of glanders. Polyacrylamide gel electrophoresis, sequencing, and fragment analysis were applied to detect the size of the VNTR fragments.Results. VNTR loci 993, 3145, 3652, 20, 2862, and 1217, which were selected as the most variable among the causative agent of glanders, were included in the final MLVA typing scheme. The parameters of setting and detecting the results of MLVA typing have been optimized.Conclusion. Analisys of the typing results of 26 B. mallei strains showed a high discriminating power of the developed method of intraspecies differentiation of glanders pathogen based on 6-loci MLVA-scheme and the prospects of its use for epidemiological investigation to determine the source of the glanders outbreak.
Highlights
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫДля исследования было использовано 14 штаммов возбудителя сапа из коллекции ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора.
ДНК выделяли из суспензий клеток чистых культур штаммов B. mallei из разведения в концентрации 1 108 м.к./мл с использованием комплекта реагентов «РИБО-преп» (ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Россия).
Электрофорез продуктов амплификации проводили в 3% агарозном геле при напряженности 5 В/см в течение 60 мин.
Summary
Для исследования было использовано 14 штаммов возбудителя сапа из коллекции ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора. ДНК выделяли из суспензий клеток чистых культур штаммов B. mallei из разведения в концентрации 1 108 м.к./мл с использованием комплекта реагентов «РИБО-преп» (ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Россия). Электрофорез продуктов амплификации проводили в 3% агарозном геле при напряженности 5 В/см в течение 60 мин. Электрофорез в полиакриламидном геле осуществляли в камере для вертикального электрофореза PROTEAN II xi Сell 20 (BioRad», США). Для обработки ДНК-профилей, полученных после электрофореза в ПААГ, использовали программу RFLPscan 3.12 (CSP Inc., USA). Секвенирование и фрагментный анализ проводили в капиллярном массиве длиной 50 см с полимерной матрицей POP-7 на автоматическом генетическом анализаторе «ABI 3130 Genetic Analyzer» («Applied Biosystems», США). Для секвенирования использовали набор реактивов «Big-Dye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit» («Applied Biosystems», США). В качестве размерного стандарта при проведении фрагментного анализа использовали S450 (ООО «Синтол», Россия). Обработку полученных на генетическом анализаторе данных проводили с помощью программного обеспечения «Applied Biosystems» (США). Для оценки дискриминирующей способности использовали индекс Хантера-Гастона (HGDI) [7]
Sign-in/Register to view highlights & summary Sign-in/Register to access full text options 
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callMore From: Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology
Disclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
