Bioinformatics Analysis of DNA Methylation in the Promoters of LincRNA in Lung Adenocarcinoma

Abstract

背景与目的肿瘤相关长链非编码RNA(lincRNA)的异常表达影响癌症的进程, 是肿瘤进展机制研究的热点, 然而其调控机制目前并不清楚。本研究通过生物信息学方法研究肺腺癌lincRNA启动子DNA甲基化水平与基因表达和预后的关系。方法从TCGA网站下载肺腺癌Illumina Methylation 450K芯片的全基因组DNA甲基化数据及转录组数据, 分析DNA甲基化在lincRNA基因附近的分布情况及与基因表达的关系; 比较肿瘤组织和癌旁组织DNA甲基化和表达变化。结果lincRNA启动子附近DNA甲基化水平较低, 且与基因的表达水平呈负相关。在肿瘤组织和癌旁组织间, 15个lincRNA的DNA甲基化水平存在显著差异, 与其表达呈反向变化, 包括与癌症发生发展相关的FINDER基因, 该基因启动子高甲基化的肺腺癌病人预后较差, 与基因表达作用刚好相反。结论肺腺癌中一些lincRNA启动子的DNA甲基化水平能调控lincRNA的表达, 进而与肺腺癌的预后有关。