Arquitectura de referencia para un laboratorio virtual como herramienta de sistematización de datos de biodiversidad

Abstract

El objetivo de esta investigación fue desarrollar un laboratorio virtual para la gestión de datos de biodiversidad en la región del Pacífico colombiano. La plataforma creada integra una base de datos relacional en PostgreSQL, el ecosistema JupyterHub y servicios de Amazon Web Services (AWS), con infraestructuras de datos globales. Se recopilaron 28.058 registros entre 2004 y 2022, destacando 44 familias, 119 géneros y 198 especies, incluyendo, especies maderables amenazadas, como Carapa guianensis, Humiriastrum procerum y Magnolia calimaensis. Entre las familias con mayores registros se encuentran Fabaceae, Arecaceae, Malvaceae y Moraceae, con 88 especies en total. La ejecución de rutinas de trabajo no excedió los 11 minutos en Python y R. Los servicios de AWS demostraron tiempos de respuesta de 200 ms y un tráfico de red de 0.1 GB/s. El inicio y cese de contenedores se realizó en 10 y 5 segundos, con un uso promedio de CPU y RAM ,del 80 y 75%, respectivamente. Además, se almacenaron 4 GB de objetos con tiempos de respuesta inferiores a 100 ms. Con la ayuda de las herramientas implementadas se logró prevenir errores en los datos dasométricos y taxonómicos, destacando la importancia del control de calidad y la validación de datos. La implementación de este laboratorio virtual permitió un manejo eficaz de grandes volúmenes de datos, facilitando la colaboración en tiempo real entre investigadores y proporcionando una herramienta escalable y flexible para el análisis de datos ecológicos, promoviendo una comprensión más completa de la biodiversidad en la región.