Análisis comparativo de diferentes métodos de extracción de DNA y su eficiencia de genotipificación en población mexicana

Abstract

Los estudios de variabilidad genetica han reportado inconsistencias de resultados entre poblaciones, en gran medida, debido a que los metodos de extraccion de acido desoxirribonucleico (DNA, por sus siglas en ingles) y las tecnicas de genotipificacion son altamente variables entre ellas, lo que conduce a la asignacion erronea de genotipos. El objetivo de este estudio es comparar distintas tecnicas de extraccion de DNA y de genotipificacion de polimorfismos. Para llevar a cabo el estudio, se analizo el DNA de 10 muestras sanguineas correspondientes a individuos mestizos mexicanos, y se purifico por los metodos de fenol-cloroformo-alcohol isoamilico (FCI), gradiente de sales (GS), gradiente de sacarosa (GSC), DNAzol® y DNeasy Blood & Tissue Kit ®. Se genotipificaron los polimorfismos GSTT1 *0 y GSTM1*0 por reaccion en cadena de la polimerasa (PCR, por sus siglas en ingles) multiple, CYP1A1*2C por RFLP’s y AhR Arg554Lys por PCR tiempo real. Los resultados mostraron diferencias significativas (p < 0.001) en cantidad, pureza e integridad entre los distintos metodos. En los analisis moleculares se observo que el metodo de FCI presenta inhibidores de la reaccion de PCR, ya que no fue posible amplificar los fragmentos por PCR multiple y PCR punto final, aunque si hubo amplificacion en el PCR tiempo real. Los metodos GS y GSC amplificaron todas las muestras en las tres modalidades de PCR y mostraron resultados concordantes, mientras que solo el 80% de las muestras extraidas mediante DNAzol ® y DNeasy ® amplificaron, y los resultados no fueron concordantes para DNAzol ® (50%) y DNeasy ® (80%) en el analisis de PCR - RFLP’s. Los metodos de extraccion GS y GSC mostraron mayor recuperacion de DNA, con parametros de calidad e integridad optimos para los analisis moleculares por PCR