Abstract
In this paper the multidimensional scaling, the principal coordinate and principal component methods for the Lithuanian population structure have investigated, taken that the proximity measures are Euclid, Gower, Bray-Curtis, Kulczynski, Jaccard and Morisita. The genome-wide single nucleotide polymorphism genetic data analyzed. A comparative analysis of proximity measures performed. The results of visualization are also presented.
Highlights
Pagrindinių koordinačių ir pagrindinių komponenčių metodai yra panašūs, nes abiejų tikrinių vektorių tikrinių reikšmių apskaičiavimas vykdomas remiantis matrica sudaryta iš atstumų ar panašumų tarp visų taškų
Urnikytė In this paper the multidimensional scaling, the principal coordinate and principal component methods for the Lithuanian population structure have investigated, taken that the proximity measures are Euclid, Gower, Bray-Curtis, Kulczynski, Jaccard and Morisita
Summary
Lietuvos populiacijos genetinė struktūra yra vienas iš genetinių tyrimų objektų. Populiacijos genetinės struktūros tyrimai naudojami išaiškinti panašumus ir skirtumus tarp vienos grupės individų ar tarp skirtingų individų grupių bei veiksnius, kurie lemia tuos skirtumus. Artimumo matulyginamoji analize Lietuvos populiacijos strukturos nustatymui 87 gauti daugiau žinių iš analizuojamų duomenų, yra naudojami įvairūs duomenų tyrybos metodai: klasifikavimo, klasterizavimo, vizualizavimo ir kt. Pagrindinis šio darbo tikslas yra išanalizuoti ir ištirti artimumo matus, daugiamačių skalių, pagrindinių koordinačių, pagrindinių komponenčių metodus, kurie labiausiai atskleistų genetinių duomenų pasiskirstymą Lietuvos populiacijos struktūros nustatymui analizuojant plataus masto vieno nukleotido polimorfizmo genetinius duomenis. Šiame darbe taikomi daugiamačių skalių (MDS), pagrindinių koordinačių (PK) ir pagrindinių komponenčių (PKA) metodai Lietuvos populiacijos genetinės struktūros įvertinimui. Lietuvos populiacijos genetiniai struktūrai įvertinti buvo naudojami .bed, .bim ir .fam failai sukurti PLINK v1.07 programa [1].
Sign-in/Register to view highlights & summary Sign-in/Register to access full text options 
Free) 
Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a call
