Abstract
In the paper we present the experience of developing and using an Enterprise Desktop Grid infrastructure based on BOINC software platform and designed for virtual screening using open-source software and open databases of chemical compounds models. According to the idea of Enterprise Desktop Grid, a virtual single computational network integrates non-specialized computers within an organization or group of users that are directly interested in solving an applied problem. We describe and evaluate the performance of the infrastructure created withing a joint research project between the L¨ubeck Institute of Experimental Dermatology (former Clinic of dermatology, allergology and venerology) of the University of L¨ubeck and the Institute of Applied Mathematical Research of the Karelian Research Centre of the Russian Academy of Sciences. We summarize the project and briefly overview the results of the virtual screening.
Highlights
В биологии и медицине в настоящее время выделяется ряд актуальных научноисследовательских задач, решение которых требует значительных вычислительных ресурсов
В ходе этого процесса используются различные методы как на этапе выбора макромолекулы- мишени, играющей ключевую роль в протекании заболевания, так и на этапе подбора химического соединения, которое должно связываться с молекулой-мишенью, подавляя или усиливая ее биологические функции
In the paper we present the experience of developing and using an Enterprise Desktop Grid infrastructure based on BOINC software platform and designed for virtual screening using open-source software and open databases of chemical compounds models
Summary
Используемые для подбора лигандов, принято делить на две группы: синтез принципиально новых молекул с желаемыми свойствами и подбор лигандов на основе структурных свойств мишени. В качестве входных данных для виртуального скрининга используются пространственные модели молекул белка и лигандов. Примерами открытых баз данных моделей химических соединений, подготовленных для виртуального скрининга, являются ZINC [6] В связи с большим объемом обрабатываемых баз данных и сложностью трехмерных моделей, проведение виртуального скрининга требует значительного количества вычислительных ресурсов. Помимо больших баз данных структурных моделей белков и лигандов, в открытом доступе также находится апробированное в ходе выполнения крупных проектов открытое программное обеспечение для молекулярного докинга. Данное ПО разработано для молекулярного докинга белковых молекул и лигандов, и по результатам специализированных тестов находится на одном уровне или превосходит по скорости и точности целый ряд эффективных программных решений, включая коммерческие. Проведение виртуального скрининга, например, по БД ZINC для единственной модели белка на современном настольном компьютере потребовало бы не менее 8,5 лет
Sign-in/Register to view highlights & summary Talk to us
Join us for a 30 min session where you can share your feedback and ask us any queries you have
Schedule a callMore From: Bulletin of the South Ural State University. Series "Computational Mathematics and Software Engineering"
Disclaimer: All third-party content on this website/platform is and will remain the property of their respective owners and is provided on "as is" basis without any warranties, express or implied. Use of third-party content does not indicate any affiliation, sponsorship with or endorsement by them. Any references to third-party content is to identify the corresponding services and shall be considered fair use under The CopyrightLaw.
