Apesar da experiência do Brasil com produção animal convencional, a pesquisa no campo da produção animal agroecológica permanece incipiente. Realizamos uma revisão sistemática para avaliar o estado atual do conhecimento científico sobre a produção animal agroecológica e orgânica no Brasil. Utilizando metodologia adaptada da declaração PRISMA, examinamos 34 artigos e relatórios técnicos selecionados. Nossos resultados indicam que a maioria (75%) da literatura analisada está centrada nos principais setores de produção animal convencional do Brasil: bovinocultura de corte (20,5%), leite (34%) e avicultura (20,5%). Além disso, aproximadamente 61% dos artigos revisados se concentram nos biomas do Cerrado e da Mata Atlântica. Os estudos de caso foram a metodologia de pesquisa predominante, adotada por 38,2% dos pesquisadores brasileiros. Concluímos que é evidente que este tema merece uma investigação mais aprofundada. Ainda, a adoção de abordagens holísticas é fundamental na avaliação de tais sistemas de produção, que visam fornecer alimentos sustentáveis, um ambiente saudável e o bem-estar da sociedade.