El lago de Güija posee una superficie aproximada de 45 Km2 y una profundidad máxima de 21 m en época seca, forma parte del complejo lagunar homónimo y su importancia como ecosistema fue reconocida en 2010 tras la obtención de su declaratoria como sitio Ramsar. Dada su ubicación geográfica ejerce una influencia significativa en la calidad del agua de la cuenca alta del río Lempa, por lo que la vigilancia de las comunidades fitoplanctónicas y la relación de estas con diversos factores ambientales relacionados a sus proliferaciones, es de suma importancia para garantizar la seguridad del agua y la salud pública de gran parte de los habitantes del Área Metropolitana de San Salvador (AMSS). En vista de lo anterior, desde febrero del 2021 hasta mayo del 2023, se han realizado muestreos mensuales en 5 puntos de monitoreo dentro del lago, determinándose que, en este, las proliferaciones de cianobacterias están dominadas por los géneros Aphanizomenon, Cylindrospermopsis y Dolichospermum, los cuales se encuentran relacionados al régimen de precipitación pluvial, altos valores de pH y la estratificación de la columna de agua, la cual ocurre entre abril y octubre de cada año.
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