اندوفیتها میکروارگانیسمهای مفیدی هستند که نقش مهمی در محافظت از گیاهان در برابر عوامل بیماریزا و تنشهای غیرزیستی ایفا میکنند. این مطالعه با هدف استفاده از اندوفیت قارچی Aspergillus niger همزیست با جلبک سبز Cladophoropsis membranacea برای ارتقا صفات موفولوژیک، بیوشیمیایی، آنتی اکسیدانی و رنگدانههای فتوسنتزی دانهالهای مکزیکن لایم صورت گرفته است. از مناطق ساحلی شهرستان بوشهر، نمونه جلبک جمعآوری شد. اندوفیت قارچی بر اساس مورفولوژیک و مولکولی بر پایه تکثیر نواحی ITS1 و ITS4 با استفاده از تکنیک PCR مورد شناسایی قرار گرفت. بذور استریل شده مکزیکن لایم در سینیهای کشت حاوی پیتماس اتوکلاو شده کشت و در مرحله چهار برگی به گلدانهای جدید منتقل شدند. هشت ماه بعد، تلقیح انجام و پس از سه ماه صفات مورفولوژیک، بیوشیمیایی، آنتی اکسیدانی و میزان رنگدانههای فتوسنتزی مورد ارزیابی قرار گرفتند. آزمایش در قالب طرح کاملا تصادفی با سه تکرار انجام شد. نتایج نشان دادند، اکثر صفات مورد بررسی، اختلاف معنیداری نسبت به نمونههای شاهد داشتند. از جمله صفات مورفولوژیک اندازهگیری شده میتوان به افزایش تعداد برگ (42/144 درصد)، وزن تر ریشه (13/144 درصد)، وزن تر ساقه (85/94 درصد) و عرض ریشه (55/105 درصد) نسبت به گیاه شاهد اشاره کرد که اکثرا در سطح 1 درصد معنیدار بودند. اندوفیت قارچی توانسته بود سطح رنگدانههای فتوسنتزی از جمله کلروفیل آ (98/10 درصد) و کاروتنوییدها (62/40 درصد) را بهطور معنیداری نسبت به شاهد افزایش نشان دهد. در بررسی ظرفیت آنتی اکسیدانی دانهالها، آنزیمهای کاتالاز، پراکسیداز، سوپراکسید دیسموتاز، گلوتاتیون ردوکتاز و اسکوربیک پراکسیداز اندازهگیری شد. اندوفیت توانسته بود باعث روند افزایشی آنزیمهای آنتی اکسیدانت در دانهالهای مکزیکن لایم پس از تلقیح شود. همچنین، اندوفیت قارچی توانسته بود باعث افزایش معنیدار عدد اسپد و کاهش معنیدار مالون دی آلدئید در دانهالهای تلقیح شده نسبت به شاهد شود. بهطورکلی، اندوفیتهای قارچی همزیست با ماکروجلبکها میتوانند گزینه مناسبی برای افزایش تحمل گیاهان نسبت به تنشهای زیستی و غیر زیستی از جمله شوری مورد توجه واقع شوند.